甘薯病毒C中国分离物全基因组序列测定及比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 秦艳红

作者： 秦艳红;渠瑞娜;乔奇;王爽;张德胜;王永江;田雨婷;张振臣

作者机构：

关键词： 甘薯病毒C(SPVC);中国分离物;全长核苷酸序列;比较分析

期刊名称： 植物病理学报

ISSN： 0412-0914

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 324-329

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用RT-PCR结合RACE方法,从采自河南南阳的甘薯样品上获得甘薯病毒C中国分离物(SPVC-Ch1)的全长基因组序列。序列分析结果表明,SPVC-Ch1基因组由1 0846个核苷酸组成,3'末端包含poly(A)尾序。基因组含有1个由10 446个核苷酸构成的开放阅读框,编码一个由3 481个氨基酸残基构成的393 k Da多聚蛋白。将SPVC-Ch1与Gen Bank中登录的其他SPVC分离物序列进行比较分析发现,SPVC不同分离物间全基因组核苷酸序列相似性为92.7%~98.9%,多聚蛋白的氨基酸序列相似性为95.1%~99.2%,SPVC-Ch1与Bungo分离物的相似性最高,与C1分离物的相似性最低。系统进化树分析结果表明,SPVC-Ch1与日本的Bungo、以色列的IL、韩国的CW135和UN202等分离物形成一个分支,亲缘关系较近。这是SPVC中国分离物全基因组序列的首次报道,研究结果丰富了SPVC全基因组序列信息,有助于全面了解SPVC种群的遗传进化关系。

分类号： S435.31

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