Identification and Analysis of Proteins and RNAs Interacting with a PPR Protein OsNPPR1 in Rice

文献类型: 外文期刊

第一作者: Hao, Y.

作者: Hao, Y.;Zhao, X.;Huang, F.;Li, C.;Zhu, Y.

作者机构:

关键词: Oryza sativa; OsNPPR1; nuclear PPR proteins; transcription and post-transcription regulation; mitochondria function

期刊名称:RUSSIAN JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY ( 影响因子:1.419; 五年影响因子:1.636 )

ISSN: 1021-4437

年卷期: 2022 年 69 卷 6 期

页码:

收录情况: SCI

摘要: Pentatricopeptide repeats (PPR) proteins function in organellar RNA metabolism and plant development constitute one of the largest protein families in land plants. Besides the organelle localization, some of this family members localized in nuclear, indicating mysterious and wider roles of PPR proteins. Oryza sativa L. nuclear-localized PPR protein 1 (OsNPPR1), a member of the PPR family in rice, is a novel nuclear RNA-binding protein, which plays a pivotal role in mitochondria. However, there is scarce knowledge about its protein partners and RNA-related roles in mitochondria function. Here, using yeast two-hybrid assay, RIP-seq and IP-MS, we uncover OsNPPR1's interacting endogenous RNA targets and protein binding partners. OsNPPR1 potentially interacts with many nuclear factors including splicing factors, transcription and post-transcription factors to perform its function in nuclear, and controls mitochondria metabolism through binding nuclear encoded mitochondria genes. Together, our data reveal new insights into the molecular roles and characteristics of nuclear PPR proteins and provide new ways to further research.

分类号:

  • 相关文献
作者其他论文 更多>>
  • RNA-seq Reveals the Effects of Light on Reproductive Traits in Domesticated Geese

    作者:Zhao, X.;Yue, S.;Sun, J.;Zhang, Y.;Peng, F.;He, H.;Li, M.;Guo, Z.;Ma, Z.

    关键词:Brooding; RNA-seq; laying rate; melatonin; illuminationer

  • The Other Side of Defensins: Review of Antiviral Activity of Defensins (Review)

    作者:Tao, K.;He, C.;Zhu, Y.;Li, Z.;Shao, D.;Li, B.;Wei, J.;Qiu, Y.;Ma, Z.;Liu, K.

    关键词:

  • CBF1 is an underestimated plant regulatory transcription factor

    作者:Wang, P.;Li, C.;Xu, X.;Zang, K.;Guo, H.;Wang, P.;Li, C.;Li, W.;Xu, X.;Su, X.;Guo, W.;Cheng, H.;Guo, H.

    关键词:Ammopiptanthus mongolicus; CBF1 transcription factor; cotton; plant architecture; trait regulation

  • Molecular and transcriptomic analysis of the ovary during laying and brooding stages in Zhedong white geese (Anser cygnoides domesticus)

    作者:Wang, Y.;Wang, S.;Zang, Z.;Li, B.;Huang, H.;Liu, G.;Zhao, X.

    关键词:Reproductive hormones; follicles; apoptosis; mTOR, geese; ovary

  • The 2024 Outline of Fungi and fungus-like taxa

    作者:Hyde, K. D.;Thiyagaraja, V;Kularathnage, N. D.;Li, Y. C.;Wang, Z. Y.;Zhao, Q.;Hyde, K. D.;Wijesinghe, S. N.;Armand, A.;Chethana, K. W. T.;Perera, R. H.;Phukhamsakda, C.;Wannasawang, N.;Asghari, R.;Aumentado, H. D. R.;Bera, I;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chaharmiri-Dokhaharani, S.;Gajanayake, A. J.;Gomdola, D.;Gunarathne, A.;He, S. C.;Htet, Z. H.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Kularathnage, N. D.;Lestari, A. S.;Li, C.;Li, H.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Luangharn, T.;Luo, L.;Madagammana, A. D.;Mapook, A.;Meng, Q. F.;Mukhopadhyay, S.;Pathirana, L. S.;Pem, D.;Phonemany, M.;Phongeun, S.;Shu, Y. X.;Silva, V. S. H.;Su, H.;Sun, Y. R.;Sysouphanthong, P.;Tan, T. H.;Tang, X.;Thakshila, S. A. D.;Walker, A.;Wei, D. P.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Yang, Y. Y.;Yu, F. M.;Yuan, L. L.;Zeng, M.;Zhang, J. Y.;Zhao, H. J.;Zhu, X. Y.;Hyde, K. D.;Noorabadi, M. T.;Chen, Y. P.;Manawasinghe, I. S.;Xu, B.;Yang, Y. H.;He, M. Q.;Johnston, P. R.;McKenzie, E. H. C.;Biketova, A. Y.;Biketova, A. Y.;Chethana, K. W. T.;Bhunjun, C. S.;Gomdola, D.;Htet, Z. H.;Jayawardena, R. S.;Li, H.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Luo, L.;Madagammana, A. D.;Meng, Q. F.;Rathnayaka, A. R.;Shu, Y. X.;Su, H.;Xiong, Y. R.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Erdogdu, M.;Ge, Z. W.;Groenewald, J. Z.;Crous, P. W.;Groenewald, M.;Hernandez-Restrepo, M.;Houbraken, J.;Sandoval-Denis, M.;Hongsanan, S.;Khuna, S.;Kusan, I;Matocec, N.;Mesic, A.;Posta, A.;Tkalcec, Z.;Leontyev, D., V;Leontyev, D., V;Li, D. W.;Lin, C. G.;Liu, N. G.;Lu, Y. Z.;Tian, X. G.;Yang, Y.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Tian, Q.;Chen, Y. P.;Dissanayake, A. J.;Liu, J. K.;Liu, J. W.;Madhushan, A.;Tian, W. H.;Zhang, S.;May, T. W.;Davoodian, N.;Piatek, M.;Czachura, P.;Darmostuk, V;Flakus, A.;Janik, P.;Ronikier, A.;Stryjak-Bogacka, M.;Worobiec, G.;Samarakoon, M. C.;Cheewankoon, R.;Chen, C.;Haituk, H.;Selcuk, F.;Ulukapi, M.;Senanayake, I. C.;Senanayake, I. C.;Tanney, J. B.;Vizzini, A.;Wanasinghe, D. N.;Dissanayake, A. J.;Wijayawardene, N. N.;Dai, D. Q.;Du, T. Y.;Jayasiri, S. C.;Karunarathna, S. C.;Liu, X. F.;Lu, L.;Tibpromma, S.;Xu, R. F.;Zhao, R. L.;Cao, B.;Chen, Q.;Li, J.;Liu, F.;Liu, S. L.;Wei, X.;Abdel-Wahab, M. A.;Abdollahzadeh, J.;Abeywickrama, P. D.;Abeywickrama, P. D.;Absalan, S.;Afshari, N.;Chaiwan, N.;Samaradiwakara, N. P.;Tennakoon, D. S.;Acharya, K.;Afshan, N. S.;Khalid, A. N.;Muhammad, U.;Najam Ul Sehar, A.;Naseer, A.;Niazi, A. R.;Sarwar, S.;Usman, M.;Afzalinia, S.;Ahmadpour, S. A.;Eisvand, P.;Mehrabi-Koushki, M.;Safi, A.;Akulov, O.;Alizadeh, A.;Alizadeh, M.;Al-Sadi, A. M.;Thamodini, G. K.;Alves, A.;Alves, V. C. S.;Alves-Silva, G.;Drechsler-Santos, E. R.;Antonin, V;Sevcikova, H.;Aouali, S.;Aptroot, A.;Apurillo, C. C. S.;Arias, R. M.;Heredia, G.;Asgari, B.;Zare, R.;Assis, D. M. A.;Barbosa, R. N.;da Silva, G. A.;da Silva, R. M. F.;da Silva Santos, A. C.;Diniz, A. G.;Gibertoni, T. B.;Lima, J. M. S.;Malosso, E.;Meiras-Ottoni, A. de;Mendes-Alvarenga, R. L.;Moura, J. C.;Santiago, A. L. C. M. A.;Souza-Motta, C. M.;Tiago, P., V;Assyov, B.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;Atienza, V;Garrido-Benavent, I;Avasthi, S.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Bakhshi, M.;Druzhinina, I. S.;Bao, D. F.;Baral, H. O.;Barata, M.;Barata, M.;Barbosa, K. D.;Lima, J. L. R.;Nascimento, E. C. R.;Oliveira, N. V. L.;Queiroz, M. B.;Silva, H. F.;Barbosa, F. R.;Baroncelli, R.;Barreto, G. G.;Gusmao, L. F. P.;Baschien, C.;Schoutteten, N.;Bennett, R. M.;dela Cruz, T. E. E.;Bennett, R. M.;Bezerra, J. D. P.;Carvalho, T. G.;Bianchinotti, M., V;Bianchinotti, M., V;Blaszkowski, J.;Boekhout, T.;Bonito, G. M.;Boonyuen, N.;Luangsa-ard, J. J.;Bortnikov, F. M.;Fedosova, A. G.;Novozhilov, Y. K.;Zmitrovich, I., V;Bregant, C.;Linaldeddu, B. T.;Burgaud, G.;Buyck, B.;Caeiro, M. F.;Cabarroi-Hernandez, M.;Cortes-Perez, A.;Guzman-Davalos, L.;Ramirez-Cruz, V;Feng, Cai M.;Cai, L.;Feng, Cai M.;Calabon, M. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Callalli, M.;Callalli, M.;Camara, M. P. S.;Cano-Lira, J.;Garcia-Sanchez, D.;Gene, J.;Carlavilla, J. R.;Carvalho, A.;Carvalho, A.;Castaneda-Ruiz, R. F.;Catania, M. D., V;Salvador-Montoya, C. A.;Cazabonne, J.;Cazabonne, J.;Cedeno-Sanchez, M.;Stadler, M.;Chaiwan, N.;Haituk, H.;Chakraborty, N.;Chen, J.;Chinaglia, S.;Garzoli, L.;Marchese, P.;Coelho-Nascimento, C. C.;Coelho-Nascimento, C. C.;Coelho-Nascimento, C. C.;Menolli Jr, N.;Zabin, D. A.;Coleine, C.;Selbmann, L.;Zucconi, L.;Costa-Rezende, D. H.;Cortes-Perez, A.;Crouch, J. A.;Cruz, R. H. S. F.;Damm, U.;Daroodi, Z.;Mamarabadi, M.;Das, K.;Das, K.;Davydov, E. A.;da Silva, I. R.;Dai, Y. C.;Michiel, de Groot D.;De Lange, R.;Haelewaters, D.;Schoutteten, N.;De Kesel, A.;de Medeiros, E., V;de Souza, C. F. A.;de Souza, F. A.;Decock, C.;Delgado, G.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;Deng, Y. L.;Dong, J. H.;Gu, Z. R.;Yang, X.;Yuan, Q.;Zhang, X. C.;Zhao, C. L.;Zhou, H. M.;Dentinger, B. T. M.;Dentinger, B. T. M.;Devadatha, B.;Devadatha, B.;Dianese, J. C.;Dima, B.;Doilom, M.;Dong, W.;Dong, Z. Y.;Li, Y.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Luo, M.;Dolatabadi, S.;Dubey, M. K.;Dutta, A. K.;Elliott, T. F.;Elshahed, M. S.;Vinzelj, J. M.;Youssef Noha, H.;Egidi, E.;Fan, L.;Fan, X.;Fan, X. L.;Ferro, L. O.;Fonseca, E. O.;Nascimento, S. S.;Oliveira Junior, I;Prazeres, J. F. S. A.;Fiuza, P. O.;Fryar, S. C.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gannibal, P. B.;Gao, F.;Garcia-Sandoval, R.;Gasca-Pineda, J.;Gautam, A. K.;Ghobad-Nejhad, M.;Ghosh, A.;Giachini, A. J.;Gentekaki, E.;Gmoshinskiy, V., I;Goes-Neto, A.;Gorjon, S. P.;Goto, B. T.;Granados-Montero, M. M.;Granados-Montero, M. M.;Griffith, G. W.;Grossart, H-P;Grossart, H-P;Gueidan, C.;Gunaseelan, S.;Guo, S. L.;Gutierrez, A. C.;Haelewaters, D.;Halling, R. E.;Hosoya, T.;Hoog, S. D.;Horak, E.;Hou, C. L.;Huang, S. K.;Huang, W. J.;Hurdeal, V. G.;Hustad, V. P.;Inacio, C. A.;Jayalal, R. G. U.;Jeewon, R.;Jeronimo, G. H.;Jin, J.;Jones, E. B. G.;Joshi, Y.;Jurjevic, Z.;Justo, A.;Kakishima, M.;Kaliyaperumal, M.;Kang, G. P.;Kang, G. P.;Kang, J. C.;Karpov, S. A.;Karpov, S. A.;Kezo, K.;Khan, M. K.;Kirchmair, M.;Neuhauser, S.;Peintner, U.;Klawonn, I;Kraisitudomsook, N.;Kukwa, M.;Kumar, S.;Lachance, M. A.;Lado, C.;Latha, K. P. D.;Lee, H. B.;Leonardi, M.;Lestari, A. S.;Li, Q.;Lima, N. B.;Lin, L.;Liu, S.;Liu, S.;Liu, X. Y.;Longcore, J. E.;Lumbsch, H. T.;Luo, Z. L.;Ma, J.;Madrid, H.;Magurno, F.;Magyar, D.;Mahadevakumar, S.;Malysh, J. M.;Manfrino, R. G.;Manimohan, P.;Mao, N.;Marasinghe, D. S.;Mardones, M.;Mardones, M.;Marin-Felix, Y.;Marin-Felix, Y.;Masigol, H.;Mehrabi, M.;Melo, R. F. R.;Mendieta, S.;Meng, Q. F.;Menkis, A.;Miksik, M.;Miller, S. L.;Moncada, B.;Moncada, B.;Moncalvo, J. M.;Moncalvo, J. M.;Monteiro, J. S.;Monteiro, J. S.;Monteiro, M.;Mora-Montes, H. M.;Moroz, E. L.;Nagy, G. L.;Najafiniya, M.;Nanayakkara, C. M.;Neves, M. A.;Yong, Nie;Nilsson, R. H.;Nogueira, P. T. S.;Noordeloos, M.;Norphanphoun, C.;Nunez Otano, N.;Zapata, C., V;O'Donnell, R. P.;Oehl, F.;Oliveira, J. A.;Oliveira, P. H. F.;Orihara, T.;Oset, M.;Pang, K. L.;Pang, K. L.;Papp, V;Pereira, O. L.;Perez-Moreno, J.;Perez-Ortega, S.;Peter, G.;Pires-Zottarelli, C. L. A.;Quan, Y.;Quandt, C. A.;Radek, R.;Rahnama, K.;Raj, K. N. A.;Rajeshkumar, K. C.;Soumyadeep, Rajwar;AB, Ralaiveloarisoa;Rama, T.;Rambold, G.;Raza, M.;Ren, G. C.;Rinaldi, A. C.;Rivas-Ferreiro, M.;Robledo, G. L.;Rossi, W.;Rusevska, K.;Ryberg, M.;Salimi, F.;Samant, B.;Sanchez-Castro, I;Santos, A. C. D. S.;Santos, L. A. dos;Sarma, V. V.;Savchenko, A.;Savchenko, A.;Saxena, R. K.;Schoutteten, N.;Schoutteten, N.;Sharma, A.;Shen, H. W.;Shen, Y. M.;Silva-Filho, A. G. S.;Simmons, D. R.;Singh, R.;Sir, E. B.;Sir, E. B.;Sir, E. B.;Sohrabi, M.;de Souza, F. A.;Sri-indrasutdhi, V;Sruthi, O. P.;Stemler, J.;Stemler, J.;Feng, Cai M.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stephenson, S. L.;Stoyneva-Gaertner, M. P.;Strassert, J. F. H.;Su, H.;Svantesson, S.;Takamatsu, S.;Tan, T. H.;Tan, T. H.;Tanaka, K.;Tang, C.;Taylor, J. E.;Taylor, P. W. J.;Thambugala, K. M.;Thilanga, D.;Thines, M.;Thines, M.;Tokarev, Y. S.;Tomsovsky, M.;Torruella, G.;Tsurykau, A.;Udayanga, D.;Untereiner, W. A.;Uzunov, B. A.;Vadthanarat, S.;Valenzuela, R.;Van den Wyngaert, S.;Van Vooren, N.;Velez, P.;Verma, R. K.;Verma, R. K.;Vieira, W. A. S.;Tang, A. M. C.;Walker, A. K.;Wang, Q. M.;Wang, Y.;Wang, X. Y.;Wang, Z. Y.;Wannathes, N.;Wartchow, F.;Weerakoon, G.;White, J. F.;Wijesundara, D. S. A.;Wisitrassameewong, K.;Wu, H. X.;Xiong, Y. R.;Xu, J. P.;Xu, R.;Xu, R. J.;Yadav, S.;Yakovchenko, L. S.;Yoshioka, R.;Yoshioka, R.;Yu, Z. F.;Zamora, J. C.;Zeng, X. Y.;Zhang, J. F.;Zhang, J. F.;Zhao, H.;Zvyagina, E.;Zvyagina, E.

    关键词:classes; classification; families; genera; orders; phyla

  • Integrative Transcriptomics and Proteomics Analyses Provide Molecular Insights into High-Temperature Tolerance of Pitaya (Hylocereus polyrhizus)

    作者:Wu, Z.;Liang, G.;Lu, G.;Deng, H.;Wei, S.;Liu, C.;Li, Z.;Huang, F.;Ye, X.;Huang, L.

    关键词:heat stress; pitaya; transcriptomics; proteomics; candidate gene

  • The Effect of a-Fe2O3 Nanoparticles on the Physiological Characteristics and Active Ingredients of Muskmelon on the Cadmium-Polluted Soil

    作者:Zou, Z.;Zhou, Y.;Hao, Y.;Li, J.;Qi, M.;Qiu, L.;Cheng, Y.;Wang, Y.;Dai, Z.;Wang, Y.;Dai, Z.

    关键词:Cucumis melo L.; soil cadmium pollution; muskmelon; & alpha;-Fe2O3 nanoparticles; growth parameters; antioxidant system; active ingredients