LncRNAnet: a comprehensive Sus scrofa lncRNA database

文献类型: 外文期刊

第一作者: Liang, G.

作者: Liang, G.;Yang, Y.;Li, H.;Yu, H.;Li, X.;Li, K.;Yang, Y.;Li, X.;Tang, Z.;Li, K.;Yang, Y.;Li, X.;Tang, Z.;Li, K.

作者机构:

关键词: expression profile; long non-coding RNA; pig; tissue-specific expression

期刊名称:ANIMAL GENETICS ( 影响因子:3.169; 五年影响因子:3.058 )

ISSN: 0268-9146

年卷期: 2018 年 49 卷 6 期

页码:

收录情况: SCI

摘要: Long noncoding RNAs (lncRNAs) constitute a large class of functional non-coding RNAs that play important roles in many biological processes. Thousands of lncRNAs have been identified in mammals. Pig is an important farm animal and biomedical model. It is essential to create a Sus scrofa lncRNA database to enable further study of the function and evolution of lncRNAs. In this study, we built a systematic S. scrofa lncRNA database named lncRNAnet that contains 53 468 S. scrofa lncRNAs with their sequence characteristics, genomic locations, conservation, overlapping SNPs and QTLs, and transcript abundance across nine tissues in pigs. We also integrated 212 922 human and mouse lncRNAs sequences into lncRNAnet. This database will provide for a systematic S. scrofa lncRNA classification and help investigators browse, search for and analyze lncRNAs as well as do blast searches among human, mouse and pig lncRNAs. Thus, lncRNAnet should improve the understanding of the biological functions of lncRNA. The database is freely accessible at .

分类号:

  • 相关文献
作者其他论文 更多>>
  • Dynamics of oxidative stress and immune responses in neonatal calves during diarrhea

    作者:Fu, Z. L.;Yang, Y.;Ma, L.;Bu, D. P.;Fu, Z. L.;Guan, L. L.;Yang, Y.;Malmuthuge, N.;Guan, L. L.

    关键词:oxidative stress; calf diarrhea; immune response

  • Organic selenium supplementation increases serum selenium levels in healthy Xinjiang brown cattle fed selenised yeast

    作者:Li, Z.;Tang, J.;Li, J.;Ling, D.;He, X.;Tang, Y.;Yi, P.;Yang, Y.;Li, Z.;Li, J.;He, X.;Tang, Y.;Yi, P.;Tang, J.;Khoo, H. E.;Liu, Y.

    关键词:blood metabolites; Bos taurus; enzyme activity; red dates; slaughter performance

  • Comparative transcriptomic analyses reveal key genes underlying melanin distribution during embryonic development in geese (Anser anser)

    作者:Yang, Y.;Wang, C.;Liu, Y.;Li, G.;Wang, X.;Wang, H.;He, D.

    关键词:Graylag geese; melanin; genetics; dorsal skin; distal feet

  • Low-depth Raw Reads of Nanopore Sequencing Enables Rapid and Accurate Bacterial Identification

    作者:Gao, W.;Hong, W.;Wu, Y.;Liu, Y.;Fan, X.;Wang, H.;Wang, M.;Yang, B.;Wang, T.;Li, H.;Liu, S.;Li, J.

    关键词:assembly; reads; Nanopore sequencing; Illumina sequencing; bacterial identification

  • Global consortium for the classification of fungi and fungus-like taxa

    作者:Hyde, K. D.;Dai, D. Q.;Du, T. Y.;Li, Q.;Liu, X. F.;Tibpromma, S.;Wijayawardene, N. N.;Hyde, K. D.;Absalan, S.;Afshari, N.;Amuhenage, T. B.;Apurillo, C. C. S.;Armand, A.;Asghari, R.;Bera, I;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chaharmiri-Dokhaharani, S.;Chen, C.;Chethana, K. W. T.;Du, T. Y.;Gajanayake, A. J.;Gentekaki, E.;Gomdola, D.;Gomes de Farias, A. R.;Gunarathne, A.;He, S.;Huanraluek, N.;Hurdeal, V. G.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Lestari, A. S.;Li, C. J. Y.;Li, H.;Li, L.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Lu, L.;Luangharn, T.;Luo, L.;Ma, J.;Madagammana, A. D.;Mapook, A.;Marasinghe, D. S.;Meng, Q. F.;Mukhopadyay, S.;Noorabadi, M. T.;Norphanphoun, C.;Pem, D.;Perera, R. H.;Phonemany, M.;Phukhamsakda, C.;Phutthacharoen, K.;Rathnayaka, A. R.;Samarakoon, B. C.;Seifollahi, E.;Su, H. L.;Sun, Y. R.;Sysouphanthong, P.;Tan, T. H.;Tang, X.;Tavakol, N. M.;Thiyagaraja, V;Thongklang, N.;Walker, A.;Wannasawang, N.;Wijesinghe, S. N.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Yang, H. D.;Yang, J.;Yang, Y. H.;Yasanthika, E.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhang, F.;Zhang, J. Y.;Zin, H. H.;Hyde, K. D.;Amuhenage, T. B.;Apurillo, C. C. S.;Armand, A.;Asghari, R.;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chen, C.;Chethana, K. W. T.;Gajanayake, A. J.;Gentekaki, E.;Gomdola, D.;Gunarathne, A.;He, S.;Hurdeal, V. G.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Lestari, A. S.;Li, C. J. Y.;Li, H.;Li, L.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Liu, X. F.;Luo, L.;Ma, J.;Madagammana, A. D.;Meng, Q. F.;Mukhopadyay, S.;Pem, D.;Phonemany, M.;Phutthacharoen, K.;Samarakoon, B. C.;Su, H. L.;Sun, Y. R.;Tang, X.;Thongklang, N.;Walker, A.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Yasanthika, E.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhang, F.;Zhang, J. Y.;Zin, H. H.;Abdel-Wahab, M. A.;Abdollahzadeh, J.;Abeywickrama, P. D.;Yan, J. Y.;Zhang, W.;Absalan, S.;Afshari, N.;de Silva, N., I;Lumyong, S.;Promputtha, I;Tennakoon, D. S.;Ainsworth, A. M.;Kirk, P. M.;Liimatainen, K.;Akulov, O. Y.;Aleoshin, V. V.;Mikhailov, K., V;Aleoshin, V. V.;Mikhailov, K., V;Al-Sadi, A. M.;Thamodini, G. K.;Alvarado, P.;Alves, A.;Amalfi, M.;De Kesel, A.;Ertz, D.;Haelewaters, D.;Amalfi, M.;Ertz, D.;Amira, Y.;Anderson, J. L.;Antonin, V;Aouali, S.;Aptroot, A.;Apurillo, C. C. S.;Araujo, J. P. M.;Ariyawansa, H. A.;Arumugam, E.;Gunaseelan, S.;Kaliyaperumal, M.;Kezo, K.;Murugadoss, R.;Assis, D. M. A.;Barbosa, R. N.;da Silva, D. K. A.;da Silva, G. A.;da Silva, R. M. F.;da Silva Santos, A. C.;de Oliveira, N. T.;Diniz, A. G.;Gibertoni, T. B.;Machado, A. R.;Malosso, E.;Meiras-Ottoni, A.;Melo, R. F. R.;Mendes-Alvarenga, R. L.;Santiago, A. L. C. M. A.;Souza-Motta, C. M.;Tiago, P., V;Vieira, L. C.;Atienza, V;Garrido-Benavent, I;Avasthi, S.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Bahkali, A. H.;Bhat, D. J.;Jones, E. B. G.;Bakhshi, M.;Zare, R.;Banihashemi, Z.;Bao, D. F.;Luo, Z. L.;Shen, H. W.;Baral, H. O.;Barata, M.;Barata, M.;Barbosa, F. R.;Barreto, R. W.;Thines, M.;Thines, M.;Thines, M.;Belamesiatseva, D. B.;Shabashova, T. G.;Bennett Reuel, M.;dela Cruz, T. E. E.;Bennett Reuel, M.;Bezerra, J. D. P.;Bezerra, J. D. P.;Bezerra, J. L.;Bhat, D. J.;Bianchinotti, M., V;Blaszkowski, J.;Boekhout, T.;Tedersoo, L.;Bonito, G.;Boonyuen, N.;Luangsa-ard, J. J.;Bregant, C.;Linaldeddu, B. T.;Buchanan, P.;Johnston, P. R.;McKenzie, E. H. C.;Burgaud, G.;Jany, J. L.;Burgess, T.;Buyck, B.;Cabarroi-Hernandez, M.;Castro-Jauregui, O.;Cortes-Perez, A.;Guzman-Davalos, L.;Ramirez-Cruz, V;Caceres, M. E. S.;Zhang, J. F.;Cai, L.;Raza, M.;Wei, X. L.;Cai, M. F.;Calabon, M. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Callalli, M.;Callalli, M.;Callalli, M.;Camara, M. P. S.;Cano-Lira, J. F.;Cantillo, T.;Cao, B.;He, M. Q.;Liu, F.;Liu, S. L.;Wang, K.;Zhao, R. L.;Zhou, L. W.;Carlavilla, J. R.;Carvalho, A.;Castaneda-Ruiz, R. F.;Castlebury, L.;Catania, M. D., V;Cavalcanti, L. H.;Cazabonne, J.;Cazabonne, J.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Chaiwan, N.;Chakraborty, N.;Chaverri, P.;Chaverri, P.;Cheewangkoon, R.;Samarakoon, M. C.;Thiyagaraja, V;Chen, C. Y.;Chen, K. H.;Chen, Q.;Chen, W. H.;Chen, Y. P.;Dissanayake, A. J.;Li, W. L.;Liu, J. K.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Tian, Q.;Tian, W. H.;Wu, N.;Yu, X. D.;Yu, Y. X.;Zhang, S. N.;Coleine, C.;Li, C. J. Y.;Selbmann, L.;Conde, T. O.;Corazon-Guivin, M. A.;Corazon-Guivin, M. A.;Costa-Rezende, D. H.;Courtecuisse, R.;Crouch, J. A.;Crous, P. W.;Groenewald, J. Z.;Groenewald, M.;Herandez-Restrepo, M.;Houbraken, J.;Sandoval-Denis, M.;Cui, B. K.;Dai, Y. C.;He, S. H.;Li, Y.;Liu, S.;Liu, Z. B.;Song, C. G.;Sun, Y. F.;Wang, C. G.;Xu, T. M.;Yuan, Y.;Zhang, Q. Y.;Zhang, Y.;Zhao, H.;Zhou, M.;Cui, Y. Y.;Ge, Z-W;He, S.;Li, Y. C.;Luo, L.;Su, H. L.;Wang, X. Y.;Worthy, F. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Cui, Y. Y.;Li, Y. C.;Wang, X. Y.;Worthy, F. R.;Wu, G.;da Silva, I. R.;Anderson, J. L.;Fernandes, I;Fryar, S. C.;Damm, U.;Darmostuk, V;Flakus, A.;Janik, P.;Rodriguez-Flakus, P.;Ronikier, A.;Zoha, Daroodi;Das, K.;Das, K.;Davoodian, N.;Davydov, E. A.;Dayarathne, M. C.;Decock, C.;Blondelle, A.;de Groot, M. D.;De Lange, R.;Haelewaters, D.;Santamaria, B.;Schoutteten, N.;Sulistyo, B.;Van Caenegem, W.;de Groot, M. D.;Zamora, J. C.;Karakehian, J. M.;Delgado, G.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;de Silva, N., I;Tennakoon, D. S.;de Souza, F. A.;Dentinger, B.;Devadatha, B.;Devadatha, B.;Dianese, J. C.;Dima, B.;Dissanayake, L. S.;Dogan, H. H.;Chen, C.;Doilom, M.;Dong, W.;Dong, Z. Y.;Li, H.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Luo, M.;Manawasinghe, I. S.;Xiong, Y. R.;Xu, B.;Yang, Y. H.;Zhang, Y. X.;Dolatabadi, S.;Ma, J.;Nanayakkara, C. M.;Dos Santos, L. A.;Alves-Silva, G.;Drechsler-Santos, E. R.;Dubey, M. K.;Dutta, A. K.;Egidi, E.;Elliott, T. F.;Elshahed, M. S.;Youssef, N. H.;Erdogdu, M.;Etayo, J.;Evans, H. C.;Fan, X. L.;Fan, Y. G.;Fedosova, A. G.;Zhurbenko, M. P.;Fell, J.;Fernandes, I;Fernandes, I;Firmino, A. L.;Fiuza, P. O.;Xu, R.;Fragoso de Souza, C. A.;Frisvad, J. C.;Fryar, S. C.;Gabaldon, T.;Torruella, G.;Gabaldon, T.;Torruella, G.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gannibal, P. B.;Gannibal, P. B.;Garcia, D.;Gene, D. J.;Garcia, D.;Gene, D. J.;Garcia-Sandoval, S. R.;Garcia-Sandoval, S. R.;Senanayake, I. C.;Garzoli, L.;Gautam, A. K.;Wu, H. X.;Ghobad-Nejhad, M.;Giachini, A. J.;Goes-Neto, A.;Galindo, L. J.;Gorjon, S. P.;Goto, B. T.;Granados-Montero, M. M.;Granados-Montero, M. M.;Griffith, G. W.;Grossart, H. P.;Grossart, H. P.;Gueidan, C.;Baschien, C.;Yurkov, A.;Gusmao, L. F. P.;Gutierrez, A. C.;Chen, J.;Haelewaters, D.;Haelewaters, D.;Halling, R.;Halling, R.;Han, Y. F.;Hapuarachchi, K. K.;Zhao, C. L.;Harder, C. B.;Harrington, T. C.;Hattori, T.;Wu, W. P.;Healy, R.;Heredia, G.;Hodge, K. T.;Iturriaga, T.;Holgado-Rojas, M.;Holgado-Rojas, M.;Holgado-Rojas, M.;Hongsanan, S.;Hongsanan, S.;Horak, E.;Horak, E.;Hosoya, T.;Takamatsu, S.;Huang, S. K.;Hur, J. S.;Hustad, V. P.;Iotti, M.;Leonardi, M.;Rossi, W.;Jafar, E.;Xu, R.;Jayalal, R. G. U.;Jayasiri, S. C.;Jayawardena, R. S.;Jeewon, R.;Jeewon, R.;Jin, J.;Zafari, D.;Jones, E. B. G.;Zhang, H.;Justo, A.;Kaishian, P.;Kakishima, M.;Piepenbring, M.;Kang, G. P.;Tan, T. H.;Kang, G. P.;Tan, T. H.;Kang, J. C.;Karpov, S. A.;Karunarathna, S. C.;Kaufmann, M.;Kemler, M.;Kirchmair, M.;Neuhauser, S.;Peintner, U.;Zucconi, L.;Kitaura, M. J.;Klawonn, I;Kolarik, M.;Kong, A.;Kuhar, F.;Kukwa, M.;Kumar, S.;Kusan, I;Matocec, N.;Mesic, A.;Posta, A.;Tkalcec, Z.;Lado, C.;Larsson, K. H.;Larsson, K. H.;Latha, K. P. D.;Leontyev, D. L.;Leontyev, D. L.;Lestari, A. S.;Li, D. W.;Li, H. Y.;Li, L.;Lu, Y. Z.;Ma, J.;Zhang, J. Y.;Li, Q. R.;Wurzbacher, C.;Xiao, Y. P.;Lee, H. B.;Wijayawardene, N. N.;Lim, Y. W.;Lim, Y. W.;Lin, C. G.;Linde, C. C.;Liu, N. G.;Liu, N. G.;Liu, X. Y.;Liu, X. Z.;Wisitrassameewong, K.;Lumbsch, H. T.;Lumyong, S.;Lumyong, S.;White, J. F.;Zeng, N. K.;Madrid, H.;Magurno, F.;Magyar, D.;Mahadevan, N.;Mahadevan, N.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Maimaiti, Y.;Raza, M.;Manamgoda, D. S.;Udayanga, D.;Wartchow, F.;Mardones, M.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Marin-Felix, Y.;Stadler, M.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Marin-Felix, Y.;Stadler, M.;Marquez, R.;Masigol, H.;May, T. W.;Yuan, H. S.;Mendieta, S.;Meng, Q. F.;Menkis, A.;Menolli, N., Jr.;Nascimento, C. C.;Silva-Filho, A. G. S.;Meza Calvo, J. G.;Miller, S. L.;Moncada, B.;Moncada, B.;Moncalvo, J. M.;Moncalvo, J. M.;Monteiro, J. S.;Monteiro, J. S.;Monteiro, M.;Mora-Montes, H. M.;Moreau, P. A.;Mueller, G. M.;Nagy, L. G.;Najafiniya, M.;Nascimento, C. C.;Nei, Y.;Neves, M. A.;Niego, A. G. T.;Nilsson, R. H.;Niskanen, T.;Niveiro, N.;Noordeloos, M. E.;Noordeloos, M. E.;Nunez Otano, N. B.;O'Donnell, R. P.;Oehl, F.;Olariaga, I;Orlando, O. P.;Pang, K. L.;Pang, K. L.;Papp, V;Pawlowska, J.;Pereira, O. L.;Perera, R. H.;Perera, R. H.;Perez-Moreno, J.;Perez-Ortega, S.;Peter, G.;Phillips, A. J. L.;Jeronimo, G. H.;Jesus, A. L.;Pires-Zottarelli, C. L. A.;Poinar, G.;Prieto, M.;Quandt, C. A.;Radek, R.;Rahnama, K.;Raj, K. N. A.;Rajeshkumar, K. C.;Sruthi, O. P.;Rama, T.;Rama, T.;Rambold, G.;Rasconi, S.;Ren, G. C.;Ren, G. C.;Robledo, G. L.;Flakus, A.;Rodriguez-Flakus, P.;Ryberg, M.;Ryvarden, L. R.;Salvador-Montoya, C. A.;Samant, B.;Sanchez-Castro, I;Sanchez-Garcia, M.;Sarma, V. V.;Savchenko, A.;Savchenko, K.;Saxena, R. K.;Scholler, M.;Selbmann, L.;Selcuk, F.;Senanayake, I. C.;Shen, Y. M.;Simmons, D. R.;Singh, R.;Sir, E. B.;Yu, Q.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stephenson, S. L.;Strassert, J. F. H.;Su, L.;Su, L.;Suetrong, S.;Norphanphoun, C.;Sun, Y. R.;Wang, Y.;Zeng, X. Y.;Svantesson, S.;Svantesson, S.;Takamatsu, S.;Tanaka, K.;Tang, A. M. C.;Tang, X.;Wei, D. P.;Tanney, J. B.;Taylor, J. E.;Taylor, P. W. J.;Tedersoo, L.;Zhang, F.;Zhang, J. F.;Thiyagaraja, V;Wanasinghe, D. N.;Tibell, L.;Tibell, S.;Tomsovsky, M.;Toome-Heller, M.;Yakovchenko, L.;Yang, H. D.;Yang, Z. L.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhao, Q.;Tsurykau, A.;Tsurykau, A.;Untereiner, W. A.;Uzunov, B. A.;Valle, L. G.;Van den Wyngaert, S.;Van Vooren, N.;Velez, P.;Verma, R. K.;Vieira, W. A. S.;Vizzini, A.;Walker, A. K.;Yapa, N.;Joshi, Y.;Wang, S. X.;Wijesundara, D. S. A.;Xu, L. J.;Yu, Z. F.

    关键词:classification; nomenclature; scientific criticism; taxonomy

  • Phosphorylation promoted the glycolytic rate in postmortem meat by tightening the structure of glycogen phosphorylase

    作者:Bai, Y.;Li, X.;Ren, C.;Zheng, X.;Hou, C.;Chen, L.;Zhang, D.

    关键词:glycogen phosphorylase; protein phosphorylation; activity; protein structure simulation

  • Development of Structure and Control System of Self-Propelled Small Green Vegetables Combine Harvester

    作者:Tang, Z.;Wang, H.;Liu, S.;Lu, D.;Tang, Y.

    关键词:Electric walking chassis; Human -machine interface; Intelligent control system; Vegetable harvesting; Self-propelled harvester.