RNA-Seq Analysis of Differentially Expressed Genes in Rice under Photooxidation
文献类型: 外文期刊
第一作者: Ma, J.
作者: Ma, J.;Zhang, B. -B.;Wang, F.;Sun, M. -M.;Shen, W. -J.;Gao, Z.;Chen, G. -X.;Lv, C.
作者机构:
关键词: Oryza sativa;gene expression;photooxidation;RNA sequencing;ultrastructure
期刊名称:RUSSIAN JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY ( 影响因子:1.481; 五年影响因子:1.608 )
ISSN:
年卷期:
页码:
收录情况: SCI
摘要: Efficient photosynthesis is critical for plant survival and growth. When plant-absorbed light exceeds the overall rate of energy conversion, it will trigger photooxidation. In this study, we selected a photooxidation mutant 812HS, it was isolated from the progeny of japonica rice (Oryza sativa L.) 812S and shows leaf yellowing and hypersensitive to photooxidation. Chloroplast ultrastructure in the leaves of 812HS showed that photooxidation resulted in significant chloroplast damage compared with 812S for changes in gene expressions in response to photooxidation stress using next-generation sequencing technologies on an Illumina HiSeq 2000 platform. A total of 88508 and 88495 genes were identified from 812S and 812HS, respectively. Expressions of 1199 genes were significantly upregulated, while 1342 genes were remarkably downregulated in 812HS. These genes were notably enriched in the 21 KEGG pathways. Based on their expression patterns, several key pathways were identified to be involved in the photooxidation of 812HS. qRT-PCR analysis further confirmed the results of RNA-Seq. This study enabled us to integrate analysis of RNA-Seq in rice and offered a deeper insight into the molecular mechanisms in response to photo-oxidative stress and provided clues for further critical gene identification in the protective mechanisms against photooxidation.
分类号: Q94
- 相关文献
作者其他论文 更多>>
-
PINUS ARMANDII GROWTH GENE IDENTIFICATION USING GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY APPROACHES
作者:Li, Q. S.;Xin, Yx;Shen, Wx;Zhao, Wz;Wang, F.;Cao, Zy;Xin, P. Y.;Li, Q. S.;Xin, Yx;Shen, Wx;Zhao, Wz;Wang, F.;Cao, Zy;Xin, P. Y.;Liu, C.;Bai, B.
关键词:Pinus armandii Franch; Genome-Wide Association Studies; diameter at breast height; tree height; Caffeoyl-CoA-O-methyltransferase; Cellulose synthase A2
-
Global consortium for the classification of fungi and fungus-like taxa
作者:Hyde, K. D.;Dai, D. Q.;Du, T. Y.;Li, Q.;Liu, X. F.;Tibpromma, S.;Wijayawardene, N. N.;Hyde, K. D.;Absalan, S.;Afshari, N.;Amuhenage, T. B.;Apurillo, C. C. S.;Armand, A.;Asghari, R.;Bera, I;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chaharmiri-Dokhaharani, S.;Chen, C.;Chethana, K. W. T.;Du, T. Y.;Gajanayake, A. J.;Gentekaki, E.;Gomdola, D.;Gomes de Farias, A. R.;Gunarathne, A.;He, S.;Huanraluek, N.;Hurdeal, V. G.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Lestari, A. S.;Li, C. J. Y.;Li, H.;Li, L.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Lu, L.;Luangharn, T.;Luo, L.;Ma, J.;Madagammana, A. D.;Mapook, A.;Marasinghe, D. S.;Meng, Q. F.;Mukhopadyay, S.;Noorabadi, M. T.;Norphanphoun, C.;Pem, D.;Perera, R. H.;Phonemany, M.;Phukhamsakda, C.;Phutthacharoen, K.;Rathnayaka, A. R.;Samarakoon, B. C.;Seifollahi, E.;Su, H. L.;Sun, Y. R.;Sysouphanthong, P.;Tan, T. H.;Tang, X.;Tavakol, N. M.;Thiyagaraja, V;Thongklang, N.;Walker, A.;Wannasawang, N.;Wijesinghe, S. N.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Yang, H. D.;Yang, J.;Yang, Y. H.;Yasanthika, E.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhang, F.;Zhang, J. Y.;Zin, H. H.;Hyde, K. D.;Amuhenage, T. B.;Apurillo, C. C. S.;Armand, A.;Asghari, R.;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chen, C.;Chethana, K. W. T.;Gajanayake, A. J.;Gentekaki, E.;Gomdola, D.;Gunarathne, A.;He, S.;Hurdeal, V. G.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Lestari, A. S.;Li, C. J. Y.;Li, H.;Li, L.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Liu, X. F.;Luo, L.;Ma, J.;Madagammana, A. D.;Meng, Q. F.;Mukhopadyay, S.;Pem, D.;Phonemany, M.;Phutthacharoen, K.;Samarakoon, B. C.;Su, H. L.;Sun, Y. R.;Tang, X.;Thongklang, N.;Walker, A.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Yasanthika, E.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhang, F.;Zhang, J. Y.;Zin, H. H.;Abdel-Wahab, M. A.;Abdollahzadeh, J.;Abeywickrama, P. D.;Yan, J. Y.;Zhang, W.;Absalan, S.;Afshari, N.;de Silva, N., I;Lumyong, S.;Promputtha, I;Tennakoon, D. S.;Ainsworth, A. M.;Kirk, P. M.;Liimatainen, K.;Akulov, O. Y.;Aleoshin, V. V.;Mikhailov, K., V;Aleoshin, V. V.;Mikhailov, K., V;Al-Sadi, A. M.;Thamodini, G. K.;Alvarado, P.;Alves, A.;Amalfi, M.;De Kesel, A.;Ertz, D.;Haelewaters, D.;Amalfi, M.;Ertz, D.;Amira, Y.;Anderson, J. L.;Antonin, V;Aouali, S.;Aptroot, A.;Apurillo, C. C. S.;Araujo, J. P. M.;Ariyawansa, H. A.;Arumugam, E.;Gunaseelan, S.;Kaliyaperumal, M.;Kezo, K.;Murugadoss, R.;Assis, D. M. A.;Barbosa, R. N.;da Silva, D. K. A.;da Silva, G. A.;da Silva, R. M. F.;da Silva Santos, A. C.;de Oliveira, N. T.;Diniz, A. G.;Gibertoni, T. B.;Machado, A. R.;Malosso, E.;Meiras-Ottoni, A.;Melo, R. F. R.;Mendes-Alvarenga, R. L.;Santiago, A. L. C. M. A.;Souza-Motta, C. M.;Tiago, P., V;Vieira, L. C.;Atienza, V;Garrido-Benavent, I;Avasthi, S.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Bahkali, A. H.;Bhat, D. J.;Jones, E. B. G.;Bakhshi, M.;Zare, R.;Banihashemi, Z.;Bao, D. F.;Luo, Z. L.;Shen, H. W.;Baral, H. O.;Barata, M.;Barata, M.;Barbosa, F. R.;Barreto, R. W.;Thines, M.;Thines, M.;Thines, M.;Belamesiatseva, D. B.;Shabashova, T. G.;Bennett Reuel, M.;dela Cruz, T. E. E.;Bennett Reuel, M.;Bezerra, J. D. P.;Bezerra, J. D. P.;Bezerra, J. L.;Bhat, D. J.;Bianchinotti, M., V;Blaszkowski, J.;Boekhout, T.;Tedersoo, L.;Bonito, G.;Boonyuen, N.;Luangsa-ard, J. J.;Bregant, C.;Linaldeddu, B. T.;Buchanan, P.;Johnston, P. R.;McKenzie, E. H. C.;Burgaud, G.;Jany, J. L.;Burgess, T.;Buyck, B.;Cabarroi-Hernandez, M.;Castro-Jauregui, O.;Cortes-Perez, A.;Guzman-Davalos, L.;Ramirez-Cruz, V;Caceres, M. E. S.;Zhang, J. F.;Cai, L.;Raza, M.;Wei, X. L.;Cai, M. F.;Calabon, M. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Callalli, M.;Callalli, M.;Callalli, M.;Camara, M. P. S.;Cano-Lira, J. F.;Cantillo, T.;Cao, B.;He, M. Q.;Liu, F.;Liu, S. L.;Wang, K.;Zhao, R. L.;Zhou, L. W.;Carlavilla, J. R.;Carvalho, A.;Castaneda-Ruiz, R. F.;Castlebury, L.;Catania, M. D., V;Cavalcanti, L. H.;Cazabonne, J.;Cazabonne, J.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Chaiwan, N.;Chakraborty, N.;Chaverri, P.;Chaverri, P.;Cheewangkoon, R.;Samarakoon, M. C.;Thiyagaraja, V;Chen, C. Y.;Chen, K. H.;Chen, Q.;Chen, W. H.;Chen, Y. P.;Dissanayake, A. J.;Li, W. L.;Liu, J. K.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Tian, Q.;Tian, W. H.;Wu, N.;Yu, X. D.;Yu, Y. X.;Zhang, S. N.;Coleine, C.;Li, C. J. Y.;Selbmann, L.;Conde, T. O.;Corazon-Guivin, M. A.;Corazon-Guivin, M. A.;Costa-Rezende, D. H.;Courtecuisse, R.;Crouch, J. A.;Crous, P. W.;Groenewald, J. Z.;Groenewald, M.;Herandez-Restrepo, M.;Houbraken, J.;Sandoval-Denis, M.;Cui, B. K.;Dai, Y. C.;He, S. H.;Li, Y.;Liu, S.;Liu, Z. B.;Song, C. G.;Sun, Y. F.;Wang, C. G.;Xu, T. M.;Yuan, Y.;Zhang, Q. Y.;Zhang, Y.;Zhao, H.;Zhou, M.;Cui, Y. Y.;Ge, Z-W;He, S.;Li, Y. C.;Luo, L.;Su, H. L.;Wang, X. Y.;Worthy, F. R.;Xu, R. F.;Xu, R. J.;Cui, Y. Y.;Li, Y. C.;Wang, X. Y.;Worthy, F. R.;Wu, G.;da Silva, I. R.;Anderson, J. L.;Fernandes, I;Fryar, S. C.;Damm, U.;Darmostuk, V;Flakus, A.;Janik, P.;Rodriguez-Flakus, P.;Ronikier, A.;Zoha, Daroodi;Das, K.;Das, K.;Davoodian, N.;Davydov, E. A.;Dayarathne, M. C.;Decock, C.;Blondelle, A.;de Groot, M. D.;De Lange, R.;Haelewaters, D.;Santamaria, B.;Schoutteten, N.;Sulistyo, B.;Van Caenegem, W.;de Groot, M. D.;Zamora, J. C.;Karakehian, J. M.;Delgado, G.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;de Silva, N., I;Tennakoon, D. S.;de Souza, F. A.;Dentinger, B.;Devadatha, B.;Devadatha, B.;Dianese, J. C.;Dima, B.;Dissanayake, L. S.;Dogan, H. H.;Chen, C.;Doilom, M.;Dong, W.;Dong, Z. Y.;Li, H.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Luo, M.;Manawasinghe, I. S.;Xiong, Y. R.;Xu, B.;Yang, Y. H.;Zhang, Y. X.;Dolatabadi, S.;Ma, J.;Nanayakkara, C. M.;Dos Santos, L. A.;Alves-Silva, G.;Drechsler-Santos, E. R.;Dubey, M. K.;Dutta, A. K.;Egidi, E.;Elliott, T. F.;Elshahed, M. S.;Youssef, N. H.;Erdogdu, M.;Etayo, J.;Evans, H. C.;Fan, X. L.;Fan, Y. G.;Fedosova, A. G.;Zhurbenko, M. P.;Fell, J.;Fernandes, I;Fernandes, I;Firmino, A. L.;Fiuza, P. O.;Xu, R.;Fragoso de Souza, C. A.;Frisvad, J. C.;Fryar, S. C.;Gabaldon, T.;Torruella, G.;Gabaldon, T.;Torruella, G.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gannibal, P. B.;Gannibal, P. B.;Garcia, D.;Gene, D. J.;Garcia, D.;Gene, D. J.;Garcia-Sandoval, S. R.;Garcia-Sandoval, S. R.;Senanayake, I. C.;Garzoli, L.;Gautam, A. K.;Wu, H. X.;Ghobad-Nejhad, M.;Giachini, A. J.;Goes-Neto, A.;Galindo, L. J.;Gorjon, S. P.;Goto, B. T.;Granados-Montero, M. M.;Granados-Montero, M. M.;Griffith, G. W.;Grossart, H. P.;Grossart, H. P.;Gueidan, C.;Baschien, C.;Yurkov, A.;Gusmao, L. F. P.;Gutierrez, A. C.;Chen, J.;Haelewaters, D.;Haelewaters, D.;Halling, R.;Halling, R.;Han, Y. F.;Hapuarachchi, K. K.;Zhao, C. L.;Harder, C. B.;Harrington, T. C.;Hattori, T.;Wu, W. P.;Healy, R.;Heredia, G.;Hodge, K. T.;Iturriaga, T.;Holgado-Rojas, M.;Holgado-Rojas, M.;Holgado-Rojas, M.;Hongsanan, S.;Hongsanan, S.;Horak, E.;Horak, E.;Hosoya, T.;Takamatsu, S.;Huang, S. K.;Hur, J. S.;Hustad, V. P.;Iotti, M.;Leonardi, M.;Rossi, W.;Jafar, E.;Xu, R.;Jayalal, R. G. U.;Jayasiri, S. C.;Jayawardena, R. S.;Jeewon, R.;Jeewon, R.;Jin, J.;Zafari, D.;Jones, E. B. G.;Zhang, H.;Justo, A.;Kaishian, P.;Kakishima, M.;Piepenbring, M.;Kang, G. P.;Tan, T. H.;Kang, G. P.;Tan, T. H.;Kang, J. C.;Karpov, S. A.;Karunarathna, S. C.;Kaufmann, M.;Kemler, M.;Kirchmair, M.;Neuhauser, S.;Peintner, U.;Zucconi, L.;Kitaura, M. J.;Klawonn, I;Kolarik, M.;Kong, A.;Kuhar, F.;Kukwa, M.;Kumar, S.;Kusan, I;Matocec, N.;Mesic, A.;Posta, A.;Tkalcec, Z.;Lado, C.;Larsson, K. H.;Larsson, K. H.;Latha, K. P. D.;Leontyev, D. L.;Leontyev, D. L.;Lestari, A. S.;Li, D. W.;Li, H. Y.;Li, L.;Lu, Y. Z.;Ma, J.;Zhang, J. Y.;Li, Q. R.;Wurzbacher, C.;Xiao, Y. P.;Lee, H. B.;Wijayawardene, N. N.;Lim, Y. W.;Lim, Y. W.;Lin, C. G.;Linde, C. C.;Liu, N. G.;Liu, N. G.;Liu, X. Y.;Liu, X. Z.;Wisitrassameewong, K.;Lumbsch, H. T.;Lumyong, S.;Lumyong, S.;White, J. F.;Zeng, N. K.;Madrid, H.;Magurno, F.;Magyar, D.;Mahadevan, N.;Mahadevan, N.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Maimaiti, Y.;Raza, M.;Manamgoda, D. S.;Udayanga, D.;Wartchow, F.;Mardones, M.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Marin-Felix, Y.;Stadler, M.;Cedeno-Sanchez, M. L.;Marin-Felix, Y.;Stadler, M.;Marquez, R.;Masigol, H.;May, T. W.;Yuan, H. S.;Mendieta, S.;Meng, Q. F.;Menkis, A.;Menolli, N., Jr.;Nascimento, C. C.;Silva-Filho, A. G. S.;Meza Calvo, J. G.;Miller, S. L.;Moncada, B.;Moncada, B.;Moncalvo, J. M.;Moncalvo, J. M.;Monteiro, J. S.;Monteiro, J. S.;Monteiro, M.;Mora-Montes, H. M.;Moreau, P. A.;Mueller, G. M.;Nagy, L. G.;Najafiniya, M.;Nascimento, C. C.;Nei, Y.;Neves, M. A.;Niego, A. G. T.;Nilsson, R. H.;Niskanen, T.;Niveiro, N.;Noordeloos, M. E.;Noordeloos, M. E.;Nunez Otano, N. B.;O'Donnell, R. P.;Oehl, F.;Olariaga, I;Orlando, O. P.;Pang, K. L.;Pang, K. L.;Papp, V;Pawlowska, J.;Pereira, O. L.;Perera, R. H.;Perera, R. H.;Perez-Moreno, J.;Perez-Ortega, S.;Peter, G.;Phillips, A. J. L.;Jeronimo, G. H.;Jesus, A. L.;Pires-Zottarelli, C. L. A.;Poinar, G.;Prieto, M.;Quandt, C. A.;Radek, R.;Rahnama, K.;Raj, K. N. A.;Rajeshkumar, K. C.;Sruthi, O. P.;Rama, T.;Rama, T.;Rambold, G.;Rasconi, S.;Ren, G. C.;Ren, G. C.;Robledo, G. L.;Flakus, A.;Rodriguez-Flakus, P.;Ryberg, M.;Ryvarden, L. R.;Salvador-Montoya, C. A.;Samant, B.;Sanchez-Castro, I;Sanchez-Garcia, M.;Sarma, V. V.;Savchenko, A.;Savchenko, K.;Saxena, R. K.;Scholler, M.;Selbmann, L.;Selcuk, F.;Senanayake, I. C.;Shen, Y. M.;Simmons, D. R.;Singh, R.;Sir, E. B.;Yu, Q.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stephenson, S. L.;Strassert, J. F. H.;Su, L.;Su, L.;Suetrong, S.;Norphanphoun, C.;Sun, Y. R.;Wang, Y.;Zeng, X. Y.;Svantesson, S.;Svantesson, S.;Takamatsu, S.;Tanaka, K.;Tang, A. M. C.;Tang, X.;Wei, D. P.;Tanney, J. B.;Taylor, J. E.;Taylor, P. W. J.;Tedersoo, L.;Zhang, F.;Zhang, J. F.;Thiyagaraja, V;Wanasinghe, D. N.;Tibell, L.;Tibell, S.;Tomsovsky, M.;Toome-Heller, M.;Yakovchenko, L.;Yang, H. D.;Yang, Z. L.;Yu, F. M.;Zeng, M.;Zhao, Q.;Tsurykau, A.;Tsurykau, A.;Untereiner, W. A.;Uzunov, B. A.;Valle, L. G.;Van den Wyngaert, S.;Van Vooren, N.;Velez, P.;Verma, R. K.;Vieira, W. A. S.;Vizzini, A.;Walker, A. K.;Yapa, N.;Joshi, Y.;Wang, S. X.;Wijesundara, D. S. A.;Xu, L. J.;Yu, Z. F.
关键词:classification; nomenclature; scientific criticism; taxonomy
-
Comparative Transcriptome Analysis of Two Contrasting Chinese Cabbage (Brassica rapa L.) Genotypes Reveals that Some Kinds of Phytohormones Accumulation Involved in the Local Bulges Formation on the Leaf Surface
作者:Zhang, Y.;Zhang, S.;Wang, L.;Zhang, H.;Wang, F.;Gao, J.;Zhang, Y.;Zhang, H.
关键词:Brasscia rapa; crinkly; phytohormones; gene expression
-
Sterilising effect of high power pulse microwave on Listeria monocytogenes
作者:Zhang, Y. X.;Fan, L. L.;Wang, Y.;Zhang, Y. X.;Wang, F.;Wu, H.;Fan, L. L.;Wang, Y.;Liu, X. L.;Zhang, H. Z.
关键词:high power pulse microwave; Listeria monocytogenes; sterilisation; membrane damage
-
Steinernema populi n. sp. (Panagrolaimomorpha, Steinernematidae), a new entomopathogenic nematode species from China
作者:Tian, C. L.;Zhu, F.;Zhang, J. H.;Liu, J. W.;Zhou, J. J.;Ding, Y.;Wang, J. C.;Li, M. H.;Li, J. P.;Li, X. Y.;Puza, V;Shapiro-Ilan, D.;Zhao, D.;Ma, J.;Zhu, X. F.
关键词:Description; molecular characterization; phylogenetic systematics; Steinernema; taxonomy; China
-
Phosphatase and tensin homolog (PTEN) suppresses triacylglycerol accumulation and monounsaturated fatty acid synthesis in goat mammary epithelial cells
作者:Yao, D. W.;Ma, J.;Yang, C. L.;Chen, L. L.;Wang, T. Z.;Jiang, X. L.;Ma, Y.;He, Q. Y.;Luo, J.;Coleman, D. N.;Loor, J. J.
关键词:fatty acid composition; lipid metabolism; milk fat; dairy nutrition
-
Fortification of bread with bee pollen, and its effects on quality attributes and antioxidant activity
作者:Yan, S.;Wan, Y.;Yan, S.;Wang, F.;Xue, X.;Wu, L.
关键词:bee pollen; wheat bread; nutritional composition; antioxidant activity; physical characteristic