Isolation and characterization of microsatellite markers for Axonopus compressus (Sw.) Beauv. (Poaceae) using 454 sequencing technology
文献类型: 外文期刊
第一作者: Wang, X. -L.
作者: Wang, X. -L.;Liao, L.;Wang, Z. -Y.;Li, Y.;Bai, C. -J.
作者机构:
关键词: Microsatellite markers;Genetic diversity;Roche 454 sequencing;Axonopus compressus
期刊名称:GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH ( 影响因子:0.764; 五年影响因子:0.912 )
ISSN: 1676-5680
年卷期: 2015 年 14 卷 2 期
页码:
收录情况: SCI
摘要: Axonopus compressus (Sw.) Beauv. is a perennial herb widely used as a garden lawn grass. In this study, we used Roche 454 pyrosequencing, combined with the magnetic bead enrichment method FIASCO, to isolate simple sequence repeat markers from the A. compressus genome. A total of 1942 microsatellite loci were identified, with 53,193 raw sequencing reads. One hundred microsatellite loci were selected to test the primer amplification efficiency in 24 individuals; 14 primer pairs yielded polymorphic amplification products. The number of observed alleles ranged from two to six, with an average of 3.5. Shannon's Information index values ranged from 0.169 to 0.650, with an average of 0.393. Nei's genetic diversity values ranged from 0.108 to 0.457, with an average of 0.271. This first set of microsatellite markers developed for Axonopus will assist in the development of molecular marker-assisted breeding and the assessment of genetic diversity in A. compressus.
分类号:
- 相关文献
作者其他论文 更多>>
-
Metabolite analysis of peach (Prunus persica L. Batsch) branches in response to freezing stress
作者:Li, Y.;Wang, Y.;Wang, Z.;Liu, G.;Chang, R.;Chen, H.;Li, J.;Tian, Q.
关键词:Freezing stress; Metabolic networks; Metabolism; Peach
-
First Report of Green Mold on Leaves of Phaseolus vulgaris Caused by Cladosporium tenuissimum in Liaoning, China
作者:Gao, X. M.;Li, Y.;Yu, M.;Ao, J.;Liu, X. H.;Sun, Y. L.;Song, L. Q.;Chen, F.;Guo, L. L.;Yang, X. H.
关键词:Cladosporium tenuissimum; green mold; kidney bean
-
The first intron of EIJ1 confers a specific response to wounding and herbivore stresses
作者:Yin, M.;Liu, H.;Yin, M.;Liu, H.;Yin, M.;Liu, H.;Li, Y.;Li, Y.
关键词:EIJ1; intron; plant stress response; wounding and herbivore stresses; wounding inducible
-
Polyphasic taxonomy clarifies the relationships between Butyriboletus and Exsudoporus , and new taxa and reports of Boletaceae from China
作者:Wang, Y.;Yang, Xy;Liu, Yj;Rao, G.;Gui, Xy;Wang, L. Y.;Zhang, B.;Li, Y.;Wang, Y.;Li, Y.;Ma, Yh;Wu, G.;Wu, G.;Dai, D.;Chen, X.
关键词:16 new taxa; basidiomycota; biogeography; evolution; long-distance dispersal; phylogeny
-
The 2024 Outline of Fungi and fungus-like taxa
作者:Hyde, K. D.;Thiyagaraja, V;Kularathnage, N. D.;Li, Y. C.;Wang, Z. Y.;Zhao, Q.;Hyde, K. D.;Wijesinghe, S. N.;Armand, A.;Chethana, K. W. T.;Perera, R. H.;Phukhamsakda, C.;Wannasawang, N.;Asghari, R.;Aumentado, H. D. R.;Bera, I;Bhunjun, C. S.;Boonmee, S.;Bundhun, D.;Chaharmiri-Dokhaharani, S.;Gajanayake, A. J.;Gomdola, D.;Gunarathne, A.;He, S. C.;Htet, Z. H.;Jayawardena, R. S.;Karimi, O.;Khyaju, S.;Kularathnage, N. D.;Lestari, A. S.;Li, C.;Li, H.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Luangharn, T.;Luo, L.;Madagammana, A. D.;Mapook, A.;Meng, Q. F.;Mukhopadhyay, S.;Pathirana, L. S.;Pem, D.;Phonemany, M.;Phongeun, S.;Shu, Y. X.;Silva, V. S. H.;Su, H.;Sun, Y. R.;Sysouphanthong, P.;Tan, T. H.;Tang, X.;Thakshila, S. A. D.;Walker, A.;Wei, D. P.;Wu, N.;Xiong, Y. R.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Yang, Y. Y.;Yu, F. M.;Yuan, L. L.;Zeng, M.;Zhang, J. Y.;Zhao, H. J.;Zhu, X. Y.;Hyde, K. D.;Noorabadi, M. T.;Chen, Y. P.;Manawasinghe, I. S.;Xu, B.;Yang, Y. H.;He, M. Q.;Johnston, P. R.;McKenzie, E. H. C.;Biketova, A. Y.;Biketova, A. Y.;Chethana, K. W. T.;Bhunjun, C. S.;Gomdola, D.;Htet, Z. H.;Jayawardena, R. S.;Li, H.;Liao, C. F.;Linn, M. M.;Luo, L.;Madagammana, A. D.;Meng, Q. F.;Rathnayaka, A. R.;Shu, Y. X.;Su, H.;Xiong, Y. R.;Yang, H. D.;Yang, Y. H.;Erdogdu, M.;Ge, Z. W.;Groenewald, J. Z.;Crous, P. W.;Groenewald, M.;Hernandez-Restrepo, M.;Houbraken, J.;Sandoval-Denis, M.;Hongsanan, S.;Khuna, S.;Kusan, I;Matocec, N.;Mesic, A.;Posta, A.;Tkalcec, Z.;Leontyev, D., V;Leontyev, D., V;Li, D. W.;Lin, C. G.;Liu, N. G.;Lu, Y. Z.;Tian, X. G.;Yang, Y.;Maharachchikumbura, S. S. N.;Tian, Q.;Chen, Y. P.;Dissanayake, A. J.;Liu, J. K.;Liu, J. W.;Madhushan, A.;Tian, W. H.;Zhang, S.;May, T. W.;Davoodian, N.;Piatek, M.;Czachura, P.;Darmostuk, V;Flakus, A.;Janik, P.;Ronikier, A.;Stryjak-Bogacka, M.;Worobiec, G.;Samarakoon, M. C.;Cheewankoon, R.;Chen, C.;Haituk, H.;Selcuk, F.;Ulukapi, M.;Senanayake, I. C.;Senanayake, I. C.;Tanney, J. B.;Vizzini, A.;Wanasinghe, D. N.;Dissanayake, A. J.;Wijayawardene, N. N.;Dai, D. Q.;Du, T. Y.;Jayasiri, S. C.;Karunarathna, S. C.;Liu, X. F.;Lu, L.;Tibpromma, S.;Xu, R. F.;Zhao, R. L.;Cao, B.;Chen, Q.;Li, J.;Liu, F.;Liu, S. L.;Wei, X.;Abdel-Wahab, M. A.;Abdollahzadeh, J.;Abeywickrama, P. D.;Abeywickrama, P. D.;Absalan, S.;Afshari, N.;Chaiwan, N.;Samaradiwakara, N. P.;Tennakoon, D. S.;Acharya, K.;Afshan, N. S.;Khalid, A. N.;Muhammad, U.;Najam Ul Sehar, A.;Naseer, A.;Niazi, A. R.;Sarwar, S.;Usman, M.;Afzalinia, S.;Ahmadpour, S. A.;Eisvand, P.;Mehrabi-Koushki, M.;Safi, A.;Akulov, O.;Alizadeh, A.;Alizadeh, M.;Al-Sadi, A. M.;Thamodini, G. K.;Alves, A.;Alves, V. C. S.;Alves-Silva, G.;Drechsler-Santos, E. R.;Antonin, V;Sevcikova, H.;Aouali, S.;Aptroot, A.;Apurillo, C. C. S.;Arias, R. M.;Heredia, G.;Asgari, B.;Zare, R.;Assis, D. M. A.;Barbosa, R. N.;da Silva, G. A.;da Silva, R. M. F.;da Silva Santos, A. C.;Diniz, A. G.;Gibertoni, T. B.;Lima, J. M. S.;Malosso, E.;Meiras-Ottoni, A. de;Mendes-Alvarenga, R. L.;Moura, J. C.;Santiago, A. L. C. M. A.;Souza-Motta, C. M.;Tiago, P., V;Assyov, B.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;Atienza, V;Garrido-Benavent, I;Avasthi, S.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Azevedo, E.;Caeiro, M. F.;Bakhshi, M.;Druzhinina, I. S.;Bao, D. F.;Baral, H. O.;Barata, M.;Barata, M.;Barbosa, K. D.;Lima, J. L. R.;Nascimento, E. C. R.;Oliveira, N. V. L.;Queiroz, M. B.;Silva, H. F.;Barbosa, F. R.;Baroncelli, R.;Barreto, G. G.;Gusmao, L. F. P.;Baschien, C.;Schoutteten, N.;Bennett, R. M.;dela Cruz, T. E. E.;Bennett, R. M.;Bezerra, J. D. P.;Carvalho, T. G.;Bianchinotti, M., V;Bianchinotti, M., V;Blaszkowski, J.;Boekhout, T.;Bonito, G. M.;Boonyuen, N.;Luangsa-ard, J. J.;Bortnikov, F. M.;Fedosova, A. G.;Novozhilov, Y. K.;Zmitrovich, I., V;Bregant, C.;Linaldeddu, B. T.;Burgaud, G.;Buyck, B.;Caeiro, M. F.;Cabarroi-Hernandez, M.;Cortes-Perez, A.;Guzman-Davalos, L.;Ramirez-Cruz, V;Feng, Cai M.;Cai, L.;Feng, Cai M.;Calabon, M. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Calaca, F. J. S.;Callalli, M.;Callalli, M.;Camara, M. P. S.;Cano-Lira, J.;Garcia-Sanchez, D.;Gene, J.;Carlavilla, J. R.;Carvalho, A.;Carvalho, A.;Castaneda-Ruiz, R. F.;Catania, M. D., V;Salvador-Montoya, C. A.;Cazabonne, J.;Cazabonne, J.;Cedeno-Sanchez, M.;Stadler, M.;Chaiwan, N.;Haituk, H.;Chakraborty, N.;Chen, J.;Chinaglia, S.;Garzoli, L.;Marchese, P.;Coelho-Nascimento, C. C.;Coelho-Nascimento, C. C.;Coelho-Nascimento, C. C.;Menolli Jr, N.;Zabin, D. A.;Coleine, C.;Selbmann, L.;Zucconi, L.;Costa-Rezende, D. H.;Cortes-Perez, A.;Crouch, J. A.;Cruz, R. H. S. F.;Damm, U.;Daroodi, Z.;Mamarabadi, M.;Das, K.;Das, K.;Davydov, E. A.;da Silva, I. R.;Dai, Y. C.;Michiel, de Groot D.;De Lange, R.;Haelewaters, D.;Schoutteten, N.;De Kesel, A.;de Medeiros, E., V;de Souza, C. F. A.;de Souza, F. A.;Decock, C.;Delgado, G.;Denchev, C. M.;Denchev, T. T.;Deng, Y. L.;Dong, J. H.;Gu, Z. R.;Yang, X.;Yuan, Q.;Zhang, X. C.;Zhao, C. L.;Zhou, H. M.;Dentinger, B. T. M.;Dentinger, B. T. M.;Devadatha, B.;Devadatha, B.;Dianese, J. C.;Dima, B.;Doilom, M.;Dong, W.;Dong, Z. Y.;Li, Y.;Li, Y. X.;Liao, C. F.;Luo, M.;Dolatabadi, S.;Dubey, M. K.;Dutta, A. K.;Elliott, T. F.;Elshahed, M. S.;Vinzelj, J. M.;Youssef Noha, H.;Egidi, E.;Fan, L.;Fan, X.;Fan, X. L.;Ferro, L. O.;Fonseca, E. O.;Nascimento, S. S.;Oliveira Junior, I;Prazeres, J. F. S. A.;Fiuza, P. O.;Fryar, S. C.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gabaldon, T.;Gannibal, P. B.;Gao, F.;Garcia-Sandoval, R.;Gasca-Pineda, J.;Gautam, A. K.;Ghobad-Nejhad, M.;Ghosh, A.;Giachini, A. J.;Gentekaki, E.;Gmoshinskiy, V., I;Goes-Neto, A.;Gorjon, S. P.;Goto, B. T.;Granados-Montero, M. M.;Granados-Montero, M. M.;Griffith, G. W.;Grossart, H-P;Grossart, H-P;Gueidan, C.;Gunaseelan, S.;Guo, S. L.;Gutierrez, A. C.;Haelewaters, D.;Halling, R. E.;Hosoya, T.;Hoog, S. D.;Horak, E.;Hou, C. L.;Huang, S. K.;Huang, W. J.;Hurdeal, V. G.;Hustad, V. P.;Inacio, C. A.;Jayalal, R. G. U.;Jeewon, R.;Jeronimo, G. H.;Jin, J.;Jones, E. B. G.;Joshi, Y.;Jurjevic, Z.;Justo, A.;Kakishima, M.;Kaliyaperumal, M.;Kang, G. P.;Kang, G. P.;Kang, J. C.;Karpov, S. A.;Karpov, S. A.;Kezo, K.;Khan, M. K.;Kirchmair, M.;Neuhauser, S.;Peintner, U.;Klawonn, I;Kraisitudomsook, N.;Kukwa, M.;Kumar, S.;Lachance, M. A.;Lado, C.;Latha, K. P. D.;Lee, H. B.;Leonardi, M.;Lestari, A. S.;Li, Q.;Lima, N. B.;Lin, L.;Liu, S.;Liu, S.;Liu, X. Y.;Longcore, J. E.;Lumbsch, H. T.;Luo, Z. L.;Ma, J.;Madrid, H.;Magurno, F.;Magyar, D.;Mahadevakumar, S.;Malysh, J. M.;Manfrino, R. G.;Manimohan, P.;Mao, N.;Marasinghe, D. S.;Mardones, M.;Mardones, M.;Marin-Felix, Y.;Marin-Felix, Y.;Masigol, H.;Mehrabi, M.;Melo, R. F. R.;Mendieta, S.;Meng, Q. F.;Menkis, A.;Miksik, M.;Miller, S. L.;Moncada, B.;Moncada, B.;Moncalvo, J. M.;Moncalvo, J. M.;Monteiro, J. S.;Monteiro, J. S.;Monteiro, M.;Mora-Montes, H. M.;Moroz, E. L.;Nagy, G. L.;Najafiniya, M.;Nanayakkara, C. M.;Neves, M. A.;Yong, Nie;Nilsson, R. H.;Nogueira, P. T. S.;Noordeloos, M.;Norphanphoun, C.;Nunez Otano, N.;Zapata, C., V;O'Donnell, R. P.;Oehl, F.;Oliveira, J. A.;Oliveira, P. H. F.;Orihara, T.;Oset, M.;Pang, K. L.;Pang, K. L.;Papp, V;Pereira, O. L.;Perez-Moreno, J.;Perez-Ortega, S.;Peter, G.;Pires-Zottarelli, C. L. A.;Quan, Y.;Quandt, C. A.;Radek, R.;Rahnama, K.;Raj, K. N. A.;Rajeshkumar, K. C.;Soumyadeep, Rajwar;AB, Ralaiveloarisoa;Rama, T.;Rambold, G.;Raza, M.;Ren, G. C.;Rinaldi, A. C.;Rivas-Ferreiro, M.;Robledo, G. L.;Rossi, W.;Rusevska, K.;Ryberg, M.;Salimi, F.;Samant, B.;Sanchez-Castro, I;Santos, A. C. D. S.;Santos, L. A. dos;Sarma, V. V.;Savchenko, A.;Savchenko, A.;Saxena, R. K.;Schoutteten, N.;Schoutteten, N.;Sharma, A.;Shen, H. W.;Shen, Y. M.;Silva-Filho, A. G. S.;Simmons, D. R.;Singh, R.;Sir, E. B.;Sir, E. B.;Sir, E. B.;Sohrabi, M.;de Souza, F. A.;Sri-indrasutdhi, V;Sruthi, O. P.;Stemler, J.;Stemler, J.;Feng, Cai M.;Stemler, J.;Stemler, J.;Stephenson, S. L.;Stoyneva-Gaertner, M. P.;Strassert, J. F. H.;Su, H.;Svantesson, S.;Takamatsu, S.;Tan, T. H.;Tan, T. H.;Tanaka, K.;Tang, C.;Taylor, J. E.;Taylor, P. W. J.;Thambugala, K. M.;Thilanga, D.;Thines, M.;Thines, M.;Tokarev, Y. S.;Tomsovsky, M.;Torruella, G.;Tsurykau, A.;Udayanga, D.;Untereiner, W. A.;Uzunov, B. A.;Vadthanarat, S.;Valenzuela, R.;Van den Wyngaert, S.;Van Vooren, N.;Velez, P.;Verma, R. K.;Verma, R. K.;Vieira, W. A. S.;Tang, A. M. C.;Walker, A. K.;Wang, Q. M.;Wang, Y.;Wang, X. Y.;Wang, Z. Y.;Wannathes, N.;Wartchow, F.;Weerakoon, G.;White, J. F.;Wijesundara, D. S. A.;Wisitrassameewong, K.;Wu, H. X.;Xiong, Y. R.;Xu, J. P.;Xu, R.;Xu, R. J.;Yadav, S.;Yakovchenko, L. S.;Yoshioka, R.;Yoshioka, R.;Yu, Z. F.;Zamora, J. C.;Zeng, X. Y.;Zhang, J. F.;Zhang, J. F.;Zhao, H.;Zvyagina, E.;Zvyagina, E.
关键词:classes; classification; families; genera; orders; phyla
-
Transcriptome analysis reveals heat shock protein 70 (HSP70) induced by tembusu virus infection is associated with immune responses
作者:Zhao, D.;Han, K.;Zhang, L.;Huang, X.;Liu, Q.;Yang, J.;Liu, Y.;Li, Y.;Wu, F.;Zhao, D.;Zhao, D.;Zhao, D.;Han, K.;Zhang, L.;Huang, X.;Liu, Q.;Yang, J.;Liu, Y.;Li, Y.;Wu, F.
关键词:heat shock protein 70; innate immune response; tembusu virus; transcriptome analysis
-
Effects of cage stocking density on the production performance, serum biochemistry, immune level, and intestinal morphology of 2 laying hen breeds
作者:Wan, Y.;Guan, H.;Ma, R.;Qi, R.;Li, J.;Liu, W.;Li, Y.;Zhan, K.;Guan, H.;Wang, D.
关键词:chicken; breed; cage stocking density; production performance; intestinal morphology