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橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因的电子克隆及分析

文献类型： 中文期刊

作者： 仇键 1 ; 刘实忠 2 ; 张志平 2 ; 魏芳 2 ; 杨文凤 2 ; 罗世巧 2 ; 校现周 2 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所

2.中国热带农业科学院橡胶研究所,农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室

关键词： 橡胶草;异戊烯焦磷酸异构酶;电子克隆;生物信息学分析

期刊名称： 生物信息学

ISSN： 1672-5565

年卷期： 2013 年 11 卷 03 期

页码： 209-215

摘要： 利用电子克隆方法获得两条橡胶草异戊烯焦磷酸异构酶基因(IDI)的cDNA序列和编码区基因组序列,分别命名为TkIDI1和TkIDI2,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行系统进化、亚细胞定位、活性位点、高级结构等方面的预测和分析。结果显示,TkIDI1的cDNA序列长度为980 bp,包含一个696 bp的开放读码框(ORF),编码232个氨基酸,预测定位于内质网或叶绿体上;TkIDI2的cDNA序列长度为1 038 bp,包含一个843 bp的ORF,编码281个氨基酸,预测定位于线粒体或叶绿体;而他们的截短转录本蛋白定位于胞质中,且都具有过氧化物酶体定位信号。结构分析表明TkIDI1和TkIDI2与植物IDI蛋白同源,活性位点保守,高级结构与其他植物的IDI均具有高度的相似性。

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