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基于RNA-seq的能源植物芒转录组分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张贤 1 ; 王建红 1 ; 喻曼 1 ; 曹凯 1 ; 庄俐 1 ; 徐昌旭 2 ; 曹卫东 3 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院环境资源与土壤肥料研究所

2.江西省农业科学院土壤肥料与资源环境研究所

3.中国农业科学院农业资源与农业区划研究所

关键词： 芒;转录组;RNA-seq;基因注释

期刊名称： 生物工程学报

ISSN： 1000-3061

年卷期： 2015 年 31 卷 10 期

页码： 1437-1448

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 芒(Miscanthus sinensis Anderss)是多年生C4草本植物,可为能量和纤维素产品生产提供高品质的木质纤维素材料,是一种理想的能源植物。采用Illumina Hi Seq?2000高通量测序技术,对芒花芽和叶芽进行转录组分析。经拼接组装共获得98 326个Unigene,序列平均长度822 bp,N50为1 337 bp。将Unigene序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和COG数据库进行比对(Evalue<1e-5),共有74 134条Unigene获得了基因注释,占总Unigene的75.40%。其中,通过GO功能分类,45 507个Unigene映射到GO不同的功能节点上;通过KEGG pathways分析,共有36 710个Unigene参与了128个代谢通路;比对到同源序列比例最高的物种分别为高粱(37 731,60.86%)、玉米(16 258,26.22%)、水稻(3 065,4.94%),共占所有同源序列的92.02%。此外,获得了芒C4关键酶相关基因24个。这些注释信息的完成为芒功能基因及相关候选基因的发掘提供了重要依据。

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