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姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计

文献类型： 中文期刊

作者： 毛俐慧 1 ; 刘建新 2 ; 丁华侨 2 ; 徐笑寒 2 ; 田丹青 2 ;

作者机构： 1.浙江省农科院花卉研究中心

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关键词： 姜荷花;全长转录组;微卫星;重复基元

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 022 期

页码：

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为利用微卫星分子标记技术研究姜荷花品种的遗传多样性和分子调控机制,本研究以前期高通量测序结果为基础,用MISA软件发掘和分析了所获得的转录组数据的SSR位点,为后续研究提供重要的基础.获得的19 902个SSR位点存在于15 891条序列中.获得的unigene数为64 471条,共132 833 884 bp,平均每2.06 kb出现一个SSR,出现多个SSR的序列有3 155个.姜荷花'清迈粉'转录组微卫星中存在97种重复基元,其中(A/T)n占比例最高,约占43.6%;其中单核苷酸和三核苷酸重复相对出现较多.大部分为长度在20 bp以下的短重复片段,20 bp以上(包括20 bp)的仅占总数的23.19%,微卫星出现频率与片段长度呈负相关.设计了50对相对更有可能出现多态性的微卫星引物以供进一步研究使用.本研究为探索姜荷花各品种的遗传多样性和重要形状基因关联及定位提供了重要的基础数据,也为该属其他观赏物种的微卫星分子标记相关研究提供了理论依据.

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