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巴西橡胶树HbRPS6-2基因的克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 涂敏 1 ; 蔡海滨 1 ; 华玉伟 1 ; 黄华孙 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所农业部橡胶树生物学重点开放实验室国家橡胶树育种中心

关键词： 巴西橡胶树;HbRPS6-2;基因克隆;序列分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2011 年 32 卷 11 期

页码： 51-56

收录情况： CSCD

摘要： 从巴西橡胶树甲基化过滤文库中筛选到一个与RPS6同源性较高的基因片段,根据该基因片段序列信息,设计特异引物,利用RACE进行特异片段的5'和3'扩增,获得长度为1 327 bp的HbRPS6-2基因克隆。生物信息学分析表明,该基因包含483 bp的开放阅读框,5'非翻译区为357 bp,3'非翻译区为475 bp,编码161个氨基酸。在HbRPS6-2氨基酸序列中没有预测到信号肽和跨膜区,二级结构分析表明其属于混合型蛋白。HbRPS6-2在N端前18个氨基酸区域内有一个较强的疏水区,但整条多肽链表现为亲水性。对15个RPS6系统进化分析发现,巴西橡胶树的RPS6-2基因与多杀性巴氏杆菌的RPS6基因亲缘关系最近,而与拟南芥和玉米等亲缘关系相对较远。

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