文献类型： 中文期刊

作者： 张玉梅 ¹ ; 萧涵 ¹ ; 蓝新隆 ¹ ; 夏春英 ¹ ; 林国强 ¹ ;

作者机构： 1.福建省农业科学院作物研究所/福建省特色旱作物品种选育工程技术研究中心/福建省蔬菜遗传育种重点实验室

关键词： 福豆234;全基因组重测序;单核苷酸多态性;小片段插入缺失;变异

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2024 年 39 卷 006 期

页码： 652-661

收录情况： CSCD

摘要： 【目的】揭示南方高蛋白大豆遗传变异提供理论参考。【方法】通过高通量测序技术对南方高蛋白大豆品种福豆234进行全基因组重测序。【结果】共获得64 757 037条Clean reads，测序深度为17×，基因组覆盖度分别达98.08%(1×)和96.25%(5×)。共鉴定出1 478 393个单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）位点和356 739个小片段插入缺失（Small insertion-deletion, Small InDel）位点。其中共鉴定出14 323个非同义SNP突变的基因，4 186个Small Indel的突变基因位于编码区（Coding sequence, CDS）。通过COG(Clusters of orthologous groups of proteins)分析发现信号传导机制、转录、碳水化合物转输和代谢等和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析发现碳代谢、淀粉和蔗糖代谢、氨基酸生物合成、植物激素信号传导、内质网蛋白质加工等通路与福豆234遗传变异相关。此外，本研究以大豆籽粒蛋白质含量数量性状基因座（Quantitative trait locus, QTL）的两个主要区段内的候选基因进行分析，发现有65个基因发生SNP或Small InDel水平的变异，其中，SNP变异类型达10种，Small InDel变异类型达7种。【结论】本研究初步揭示南方高蛋白大豆的遗传变异规律，为高蛋白大豆品种选育和分子标记的开发提供数据支持和理论依据。