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麻疯树叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶的BIBAC文库筛选及其生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 付瑜华 1 ; 夏志强 2 ; 王海燕 2 ; 王文泉 2 ;

作者机构： 1.海南大学农学院

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： 叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶;高密度杂交膜;southern杂交;生物信息学

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2012 年 28 卷 31 期

页码： 21-28

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在建立麻疯树BIBAC文库筛选目的基因快捷高效的方法,并对其克隆的叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶基因进行生物信息学分析。本研究利用高密度杂交膜从麻疯树BIBAC文库中筛选到含有叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶基因的克隆,对其测序并用生物信息软件对获得全长序列及编码的蛋白质序列的特性进行分析。将筛选到的阳性克隆进行测序,并将该序列与麻疯树叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶基因进行比对,相似性达到99%,证实此克隆为含叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶基因(JcFAD7)的BIBAC克隆。麻疯树叶绿体ω-3脂肪酸去饱和酶基因长度为2655bp,含有8个外显子和7个内含子,编码525个氨基酸。该基因编码的蛋白质为不具有信号肽的亲水性蛋白,二级结构元件多为α-螺旋和无规则卷曲,含有2个大的跨膜区域,在麻疯树中为单拷贝。本研究建立了高密度杂交膜从BIBAC文库中筛选目的基因快速高效的方法,同时也验证了该方法的可行性并对克隆到的基因进行了生物信息学分析。

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