文献类型： 中文期刊

作者： 李雪萍 ¹ ; 李建宏 ¹ ; 漆永红 ¹ ; 郭成 ¹ ; 李潇 ¹ ; 李敏权 ¹ ;

作者机构： 1.甘肃省农业科学院植物保护研究所;甘肃农业大学草业学院

关键词： 木贼镰孢菌;全基因组;非编码RNA;重复序列;比较基因组学

期刊名称： 植物病理学报

ISSN： 0412-0914

年卷期： 2019 年 04 期

页码： 474-487

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 木贼镰孢菌是多种植物的病原菌,也具有益生作用,功能复杂多样。本研究基于Illumina Hiseq 4000和Pac Bio平台对木贼镰孢菌D25-1全基因组序列进行了测定及组装,共组装出16个基因组片段,GC含量48.01%,总长40 776 005个碱基,Gap数为0。对内含子、外显子、基因长度、非编码RNA、重复序列等基因组信息均进行分类统计,外显子40 110个,总长19787 286 bp,内含子26 281个,总长2 290 434 bp,多数基因长度为500～1 499 bp,tRNA 333个,rRNA 71个,sRNA 69个,snRNA 31个,miRNA 108个,共预测的重复序列1 713 918 bp,占基因组4.2033%。比较基因组学分析发现木贼镰孢菌组装结果较好,特有基因3 483个和共有基因1 805个,并对共有基因进行了COG分类注释。基因家族分析发现2 500多个单拷贝同源基因。构建进化树发现木贼镰孢菌和假禾谷镰孢菌的遗传距离最近,在全基因组水平上确定了其进化地位。本研究为基因表达的调控机制、基因功能演化分析、病害防控等研究提供基础的数据。