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基于高通量测序的建兰转录组信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 樊荣辉 1 ; 林兵 1 ; 吴建设 1 ; 钟淮钦 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院作物研究所

关键词： 建兰;转录组;生物信息学分析;功能注释

期刊名称： 福建农业科技

ISSN：

年卷期： 2023 年 003 期

页码： 1-8

摘要： 为获得建兰转录组信息，以花发育3个时期为研究对象，进行转录组测序、组装、注释及差异基因分析。结果表明：共获得120.86 Gb clean reads,组装得到56 804个Unigenes,平均长度为1 502 bp,其中34 324条Unigenes获得注释，占所有Unigene的60.43%。33 908条Unigenes在NR数据库中得到注释，与石斛的匹配度最高；18 459条Unigene被注释到GO数据库中的50个分支；在KEGG中共注释到13 145条Unigene, 11 662条注释到129个KEGG通路中。差异基因聚类分析表明，7 873个差异基因，其中3 934个上调表达，3 939个下调表达。差异基因的KEGG注释中，花香相关途径差异基因较多。利用MISA软件筛选得到19 737个SSR位点，其中单核苷酸重复SSRs数量最多，有13 291个，二核苷酸重复次之，有3 374个。本研究为后期建兰基因功能验证及次生代谢解析提供基础数据。

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