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胡麻EST-SSRs标记分布特征及PCR反应体系的优化

文献类型： 中文期刊

作者： 赵玮 1 ; 党占海 1 ; 张建平 1 ; 王利民 1 ; 党照 1 ; 李闻娟 1 ; 赵利 1 ;

作者机构： 1.甘肃省农业科学院作物研究所

关键词： 胡麻;EST-SSR标记;PCR反应体系;优化

期刊名称： 甘肃农业科技

ISSN： 1001-1463

年卷期： 2016 年 10 期

页码： 1-5

摘要： 从美国NCBI数据库中下载了286 868条亚麻EST,利用SSRIT软件检索出符合要求的SSR重复序列4 310条,占整个EST数据库的1.50%。其中三核苷酸出现频率最高,占总SSR的40.09%;SSR重复类型总共235种,序列中占总SSR比例大于1%的重复类型共有21种,占SSR序列总数的68.63%。通过正交设计(L_(16))得到了胡麻EST-SSR最佳PCR反应体系:即20μL反应体系里,引物0.2μmol/L、模板DNA 50 ng、d NTP 0.10 mmol/L、Mg~(2+)1.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.50 U/μl、2μL 10×buffer,其余用dd H_2O补齐。并通过单因素优化试验,对得到的胡麻EST-SSR最佳PCR反应体系进行了验证,结果完全一致。

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