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一株稻黄单胞菌ZX002的基因组完成图及分析

文献类型： 中文期刊

作者： 伍诗路 1 ; 沈颖 1 ; 陆剑飞 1 ; 王成雨 1 ; 杨勇 1 ; 陈剑平 1 ;

作者机构： 1.安徽农业大学农学院;浙江省农业科学院病毒学与生物技术研究所农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室;浙江省植保检疫与农药管理总站

关键词： 水稻白叶枯病;稻黄单胞菌;全基因组测序;基因组完成图;功能分析

期刊名称： 绍兴文理学院学报(自然科学)

ISSN： 1008-293X

年卷期： 2023 年 01 期

页码： 32-40

摘要： 水稻白叶枯病是一种严重的细菌性病害，对浙江省乃至全国的水稻生产造成了严重影响，其病原菌为水稻黄单胞菌水稻致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo),因此分析稻黄单胞菌的基因组信息有利于该病菌致病机制的研究和水稻白叶枯病的防控.2020年从浙江省温州市水稻白叶枯重病区采集的发病叶片中分离到一株稻黄单胞菌，并将其命名为ZX002.采用高通量测序技术对ZX002菌株进行全基因组测序，并利用生物信息学方法对其进行基因组组分和功能分析，结果表明该菌株的全基因组总长度为4 749 798 bp,预测到4 440个编码基因，编码基因总长度为4 031 775 bp,同时还包括253个非编码RNA,分别为：53个tRNA,194个sRNA,2个5s rRNA,2个16s rRNA和2个23s rRNA.全基因组共检测到23个基因岛，并检测到1个非核糖体肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase, NRPS)基因簇.全基因组功能注释表明，ZX002菌株的预测基因主要富集在氨基酸、碳水化合物、辅助因子及维生素代谢和能量代谢等途径中.

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