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利用小RNA深度测序技术鉴定海南南瓜病毒种类

文献类型： 中文期刊

作者： 车海彦 1 ; 曹学仁 1 ; 刘勇 1 ; 罗大全 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

关键词： 小RNA深度测序;海南;南瓜病毒病

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2017 年 11 期

页码： 2106-2111

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 2016年在海南乐东、昌江、澄迈、海口、文昌、儋州等地采集疑似被病毒病感染的南瓜叶片样品6个,将样品合并,采用小RNA深度测序技术对上述混合样本的病毒种类进行鉴定,发现样本中含有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番木瓜环斑病毒(Papara ringspot virus,PRSV)、黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)和中国南瓜曲叶病毒(Squash leaf curl China virus,SLCCNV),通过PCR方法进一步验证了深度测序结果的准确性。SLCCNV在4个样品中存在,P-CJ分离物的DNA-A和DNA-B组分全长分别为2 735 bp(登录号为MF062251)和2 722 bp(登录号为MF062252)。DNA-A和DNA-B组分均与SLCCNV分离物的同源性最高,同源性分别为89.2%~99.3%和79.1%~98.8%;P-CJ分离物与从中国植物样品中分离到的SLCCNV聚在同一进化分支上。上述研究结果表明,P-CJ是SLCCNV的一个分离物。

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