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利用Solexa测序技术发掘木薯microRNAs

文献类型: 中文期刊

作者: 张何芳 1 ; 陈新 2 ; 卢诚 2 ; 章伟雄 2 ; 王文泉 2 ;

作者机构: 1.海南大学

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词: 木薯;miRNA;Solexa测序

期刊名称: 中国农学通报

ISSN: 1000-6850

年卷期: 2012 年 28 卷 30 期

页码: 184-190

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 为了发掘木薯中的microRNAs(miRNAs),了解其在木薯中的调控机制,利用Solexa测序技术在木薯中发现了大量的miRNAs,并利用一种新的miRNA定量检测技术(Multiplexed RT法)对其进行实验验证。通过对构建的3个小RNA文库进行Solexa测序与生物信息学分析,最终获得19个家族93个保守的miRNA和74个新的miRNA,实验验证了测序获得的83个miRNA。在Arg7块根中特异表达的有6个miRNA,分别为miR172d、miR396c、miR398a、miR398b、miR399e、miR399f,叶片中特异表达的有13个,须根中特异表达的有3个,这些miRNAs将为深入了解木薯块根发育和淀粉累积机理提供了一个新的视角。

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