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辣椒EST-SSR标记的开发与验证

文献类型： 中文期刊

作者： 李永平 1 ; 林珲 1 ; 康建坂 1 ; 温庆放 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院蔬菜研究中心

关键词： 辣椒;EST-SSR;标记开发;指纹图谱

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2016 年 31 卷 11 期

页码： 1187-1192

收录情况： 北大核心

摘要： 从NCBI数据库下载118 900条辣椒相关EST,对其进行SSR位点搜索,共搜索出3 343条SSR,分布密度为1/17.20kb,共有287种重复基元。在辣椒EST-SSR中,二核苷酸(1 476个SSR)和六核苷酸(1 128个SSR)占主导地位,所占比例分别为44.15%和33.74%;出现最多的重复基元是GA/TC,占总数的14.30%,其次为CT/AG(94个,占8.11%)。针对3 343条含有SSR的EST设计合成了200对引物。用17份辣椒种质对200对引物进行筛选,196对引物有扩增产物,71对引物表现出多态性,共有220个多态性位点。利用71对多态性引物,对特定亲本P181-2-6和P230-2-5及其杂种一代F1的亲缘关系进行检测,结果说明从辣椒相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。

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