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海南黑山羊GH1基因nsSNPs功能性预测及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 管凇 1 ; 周汉林 1 ; 徐铁山 1 ; 孙卫平 1 ; 胡海超 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

关键词： 海南黑山羊;nsSNPs;错义突变;生长性状;个体矮小;作用机理;生物信息学

期刊名称： 中国畜禽种业

ISSN： 1673-4556

年卷期： 2021 年 17 卷 011 期

页码： 37-40

摘要： 为了研究海南黑山羊生长性状的分子遗传信息,试验利用GH1基因筛选可能影响海南黑山羊生长性状的功能性突变位点.结果表明在GH1基因外显子1、2、3、4区域共检测到10个SNP位点,有4个错义突变,6个为同义突变.第一外显子350bp处发生的G→A导致氨基酸由原来的甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser),第二外显子739bp处发生G→A突变导致氨基酸由原来甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser),第三外显子1101bp处发生A→G突变导致氨基酸由原来天冬氨酸(Asp)变为甘氨酸(Gly),第三外显子1154bp处发生C→T突变导致氨基酸由原来精氨酸(Arg)变为色氨酸(Trp).利用生物信息学方法对nsSNPs进行功能性预测、并进行mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构进行分析和建模,预测到Ex-on2-739G→A(G85S),Exon3-1120G→A(D129G)、Exon3-1154C→T(R147W)3个突变位点属于有害突变,对蛋白功能有较大影响,可能是导致海南黑山羊个体矮小,生长缓慢的功能性SNP.

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