文献类型： 中文期刊

作者： 于福来 ¹ ; 黄梅 ¹ ; 张影波 ¹ ; 陈振夏 ¹ ; 庞玉新 ¹ ; 谷陟欣 ¹ ; 李伟 ¹ ; 吴友根 ¹ ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所;广东药科大学中药资源学院;植化单体开发与利用湖南省重点实验室化学生物学及中药分析教育部重点实验室/湖南师范大学;海南九芝堂药业有限公司;海南大学园艺学院

关键词： 裸花紫珠;基因组大小;杂合率;简单重复序列SSR

期刊名称： 中国中药杂志

ISSN： 1001-5302

年卷期： 2019 年 18 期

页码： 3974-3978

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 裸花紫珠是海南省特色黎族药大品种,具有止血散瘀、消炎抗菌之功效。目前,裸花紫珠参考基因组信息缺乏。通过研究裸花紫珠的基因组大小、杂合率及SSR特征,可为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建和SSR分子标记的开发提供依据。为此,该研究采用二代测序方法,基于K-mer分析手段来研究裸花紫珠基因组的大小及杂合率,在此基础上采用MISA工具分析其SSR特征。结果表明,裸花紫珠基因组大小约为822. 43 Mb,重复序列比例约71. 67%,杂合率约0. 85%,基因组的GC量约49. 20%。提示裸花紫珠为高杂合、高重复的复杂基因组。通过对基因组序列进行SSR特征分析,共鉴定了206 049个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复基序占比较高,共198 993个,占96. 57%。在2～6核苷酸重复基序类型中分别是AT/AT,AAT/ATT,AGCC/CTGG,AAAAT/ATTTT,AGATAT/ATATCT的数量最多。该研究为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建提供了参考,同时为其SSR分子标记开发和基因资源的保护和利用提供了分子依据。