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巴西橡胶树转录组中SSR位点的信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 甘霖 1 ; 覃碧 1 ; 刘实忠 1 ; 王秀全 1 ; 范高俊 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所

关键词： 橡胶树;转录组;SSR信息分析

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2014 年 41 卷 16 期

页码： 142-146

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI网站下载橡胶树(Hevea brasiliensis)品种RRIM 600的全转录组数据(登录号:JT914190-JT981478),利用SSR软件MicroSAtellite(MISA),并采用含有1~10个碱基重复、碱基数在12 bp以上的鉴定标准对SSR基元进行鉴定分析。结果表明,从RRIM 600的全转录组数据中,共发现91 846个SSR,分布于42 859条Unigene中,发生频率为63.71%。橡胶树转录组SSR的平均长度为9 bp,平均分布频率是1/0.92 kb。其中含6个碱基重复基元类型最多,共有52 615个,占所鉴定SSR总数的57.29%。同时对这些SSR的可用性进行了评价。

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