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牛大力块根cDNA文库的构建及EST分析

文献类型： 中文期刊

作者： 徐立 1 ; 郝宏刚 2 ; 李志英 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业部热带作物种质资源利用重点开放实验室/海南省热带作物种质资源遗传改良与创新重点实验室

2.海南大学

关键词： 牛大力;cDNA基因文库;EST

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2013 年 32 卷 03 期

页码： 404-408

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用SMART技术构建了牛大力块根cDNA文库,并对其进行了质量检测。结果表明,原始文库滴度达6.17×107pfu/mL,重组率达90.9%,平均插入片段大小约为1.3kb。利用该文库随机挑选了1728个克隆进行测序,共获得1571个有效的ESTs(expressed sequence tags,表达序列标签),序列的平均长度为641bp。用Codon Code Aligner软件聚类拼接,得到1009个独立基因,其中169个独立基因具有分子功能注释,其余均为未知功能基因。169个具有分子功能注释的独立基因中,与蛋白结合活性和催化活性相关的基因分别达到了40%和33.5%;在药用代谢方面和参与根生长相关方面分别获得5个和9个独立基因,这些基因的发现为进一步改良牛大力品质及研究牛大力根系的生长发育奠定了分子基础。

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