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基于SNP分子标记的澳洲坚果种质遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 谭秋锦 1 ; 王文林 1 ; 陈海生 1 ; 韦媛荣 1 ; 郑树芳 1 ; 黄锡云 1 ; 贺鹏 1 ; 夏志强 2 ;

作者机构： 1.广西南亚热带农业科学研究所

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： 澳洲坚果;遗传多样性;单核苷酸多态性(SNP)

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 18 卷 021 期

页码： 7246-7253

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了明确澳洲坚果品种的遗传多样性,本研究利用基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性技术对45份澳洲坚果种质的单核苷酸多态性(SNPs)位点进行了基因分型,分析其亲缘关系与遗传多样性.结果 表明,种质测序中SNPs数量有427 736个,插入或缺失(indels)数量有26 055个,SNPs中发生转换概率与发生颠换概率的比值ts/tv为0.77,1 st ALT为0.79;单一序列中SNPs占3.5%,ts/tv为0.71,indels占3.5%.群体结构分析将45份澳洲坚果种质分为4类群,类群分别用红色、荧光绿色、蓝色和紫色表示.4个类群间基因交流密切,可根据条带颜色的比例判断类群.第1类群有2份种质,第2类群有1份种质,第3类群有4份种质,第4类群有38份种质,利用UPGMA法得到的聚类结果,同样表明45份种质分为4个类群.澳洲坚果种质资源存在很多品系,本研究结果为澳洲坚果分子标记辅助育种提供科学依据.

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