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谷子COBRA家族成员的全基因组鉴定及表达模式分析

文献类型： 中文期刊

作者： 任昂彦 1 ; 陈环宇 1 ; 王根平 2 ; 施洋 1 ; 陆镇威 1 ; 陈涛 1 ; 李晓莎 1 ; 潘宗瑾 1 ; 戚永奎 1 ; 杨华 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院江苏沿海地区农业科学研究所

2.河北省农林科学院谷子研究所

关键词： 谷子;COBRA;纤维素;基因家族;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 22 卷 023 期

页码： 7669-7677

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 谷子(Setaria italica L.)是富含蛋白质、纤维素的主要杂粮作物之一。为了解析谷子中参与纤维素沉积和细胞扩张的COBRA家族，利用生物信息学分析手段对谷子进行全基因组鉴定和分析。结果表明，在谷子中共鉴定出9个COBRA家族成员(其中SiCOBL9序列不完整)，可分为两个亚家族，来自同一亚家族的成员理化特性、序列保守性和基因结构相似，COBRA家族编码基因主要分布在染色体的两端，系统发育树分析显示谷子COBRA蛋白与禾本科玉米最为相似，并且所有成员都具有COBRA蛋白所具备的CCVS保守结构和糖基化修饰位点等。组织表达模式分析结果表明，基因的表达存在组织差异性，其中SiCOBL6在所选组织中表达量均较高，在所选组织中未发现特异表达的基因。

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