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香蕉EST-SSRs标记的开发与应用

文献类型： 中文期刊

作者： 王静毅 1 ; 陈业渊 2 ; 刘伟良 1 ; 武耀廷 3 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所

2.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

3.海南大学农学院

关键词： 香蕉;EST;EST-SSR;遗传多样性;聚类分析

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2008 年 30 卷 07 期

页码： 933-940

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI搜索的2282条香蕉EST中,发掘出含有SSR的EST序列110条,共有122个SSR位点,检出率为5.3%。SSR位点可分为37种重复单元,平均长度为20bp,其中二、三核苷酸重复单元的SSR占主导地位,分别占总SSR的33.1%和47.6%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的75.7%和36.0%;其他重复类型所占比例均不足10%,而四核苷酸重复类型最少,为4.0%。设计的63对EST-SSRs引物中,有41对EST-SSRs引物对巴西蕉基因组DNA能扩增出产物,占总引物数的65.1%。应用进一步筛选出的重复性好、多态性高的19对引物对49个香蕉品种(系)进行PCR扩增。每对引物扩增的多态性带数目为4~12个,平均7.58个;引物多态信息量变化范围为0.3572~0.8744,平均0.7324。在相似系数为0.63的水平可将49个品种聚为2个类群:一类为含B基因组香蕉品种;另一类为不含B基因组的香蕉品种,表明EST-SSR引物可以应用于香蕉品种资源分类的研究。

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