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11种热带植物EST-SSR标记的开发和多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 黄启星 1 ; 左娇 1 ; 孔华 1 ; 郭运玲 1 ; 周霞 1 ; 郭安平 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： 热带植物;EST;SSR;微卫星

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2012 年 33 卷 07 期

页码： 59-65

收录情况： CSCD

摘要： 对11种热带植物的640 863条表达序列标签(ESTs)进行分析,发掘出13 916个EST-SSR位点,平均分布频率约为109.37个/Mb,主要特点表现为:(1)不同物种间的EST-SSR丰度存在明显差异,其中菠萝EST-SSR位点最为丰富(201.75个/Mb);芒果EST-SSR位点丰度最低(49.55个/Mb);(2)二、三核苷酸基元的SSR最为常见,两者占总数的88.68%。其中,AG/CT、AT/AT和AAG/CTT在不同基因组区域都是占优势的SSR类型;(3)SSR在基因组不同区域分布丰度存在很大差异。其中,麻疯树基因组SSR(gSSR)的丰度是EST-SSR丰度的17倍多;(4)保守基因内AG/CT重复的SSR极其丰富。此外,设计了一批具有物种特异性的EST-SSR PCR引物。

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