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利用高通量测序快速定位目标性状位点的研究

文献类型： 中文期刊

作者： 林静 1 ; 赵青松 1 ; 张孟臣 1 ; 杨春燕 1 ; 赵团结 1 ;

作者机构： 1.河北省农林科学院粮油作物研究所国家大豆改良中心石家庄分中心农业部黄淮海大豆生物学与遗传育种重点实验室河北省农作物遗传育种重点实验室;南京农业大学国家大豆改良中心农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室(综合)国家作物遗传与种质资源重点实验室

关键词： 高世代混池;高通量测序;SNP变异;遗传定位;分子标记开发

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2019 年 06 期

页码： 47-53

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的F_6株行为研究材料,利用其衍生的F_(6∶7)中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池,通过高通量重测序技术获得变异信息,明确SNP富集区,并在SNP富集区内开发分子标记对目标性状进行连锁分析。结果显示,在2个DNA混池间发现329 992个SNP位点,表明混池间的遗传背景已经非常相似,但未发现明显SNP富集区,表明可能存在较多假阳性位点;进一步对高质量(Quality>100)的SNP变异位点进行筛选,并去除杂合SNP位点,最终获得3 371个可信位点。其中,位于13号染色上的SNP变异有700个(占比20.77%),并在20～30 Mb的物理区间形成一个最大的SNP富集区,推测调控花色的W1位点可能位于此区间内。利用该区间内SNP信息开发出dCAPS-1、dCAPS-2分子标记,连锁分析结果显示其与W1位点紧密连锁(W1-(0.4 cM)-dCAPS-1-(2.3 cM)-dCAPS-2),表明W1位点位于SNP富集区内。综上所述,通过构建高世代株行的分离群体混池,利用高通量测序方法可以快速定位控制目标性状的遗传位点,且开发的dCAPS标记可以有效剔除不利性状,从而加速遗传育种进程。

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