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核桃Alfin-like基因家族鉴定与转录表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李洋 1 ; 刘凯 2 ; 路粉 1 ; 王红霞 2 ; 王文桥 1 ;

作者机构： 1.河北省农林科学院植物保护研究所

2.河北农业大学山区研究所/河北省山区农业工程技术研究中心/国家北方山区农业工程技术研究中心

关键词： 核桃;Alfin-like基因家族;生物信息学分析;转录表达分析

期刊名称： 河北农业大学学报

ISSN： 1000-1573

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 51-57

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员,分布在5条染色体上,蛋白长度范围为240（JrAL5）～254（JrAL1）个氨基酸,开放阅读框为723（JrAL5）～771 bp（JrAL3）,等电点为5.04～5.71,全部为酸性不稳定蛋白;含有典型的DUF3594 Domian和PHD domian 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可与双子叶植物拟南芥较近,与单子叶植物水稻较远。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrAL2为差异表达基因,并且在种仁和芽中表达较高,在老叶和雄花中较低,推测JrAL2可能响应低温胁迫。

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