文献类型： 中文期刊

作者： 应东山 ¹ ; 唐浩 ¹ ; 韩瑞玺 ¹ ; 王文林 ¹ ; 王明 ¹ ; 王琴飞 ¹ ; 汤秀华 ¹ ; 张如莲 ¹ ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业农村部华南作物基因资源与种质创制重点实验室/农业农村部热带作物种子种苗质量监督检验测试中心;农业农村部科技发展中心;广西南亚热带农业科学研究所

关键词： 油梨;转录组;EST-SSR;引物

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2018 年 12 期

页码： 2446-2451

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs),为SSR标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用Illumina二代测序的技术,共获得37 639条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得6 419条简单序列重复(SSR)。利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并以11份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的EST-SSR的分布频率为17.05%。在油梨EST-SSR中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的37.47%、31.80%和29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是AG/CT,占总数的29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为AAG/CTT,占12.01%。随机选择315个SSR位点合成引物,经11份油梨种质筛选鉴定,227对引物可扩增获得产物,有效扩增率为72.06%;其中34对引物表现出良好多态性,占有效引物的12.78%,占总引物的10.79%。在34对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数2～12个。利用高通量测序开发SSR引物有较好的实用性,开发获得的34个具有多态性的油梨SSR标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。