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表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用

文献类型： 中文期刊

作者： 吕桂云 1 ; 张海英 2 ; 郭绍贵 2 ; 许勇 2 ;

作者机构： 1.中国农业科学院蔬菜花卉研究所

2.国家蔬菜工程技术研究中心

关键词： 表达序列标签;序列拼接;功能注释;应用

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2010 年 26 卷 08 期

页码： 56-62

收录情况： 北大核心

摘要： 在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴含的生物学信息,掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST数据分析软件,系统地简述了EST的序列分析方法,主要包括EST的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类,指出应根据EST数据的特征来选择合适的序列分析软件,并阐释EST技术在植物抗病基因的发现、克隆和定位研究中的应用。

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