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橡胶树甲基化过滤文库的构建

文献类型： 中文期刊

作者： 黄关青 1 ; 华玉伟 2 ; 高战 2 ; 黄华孙 2 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所

2.中国热带农业科学院橡胶研究所,农业部橡胶树生物学重点开放实验室,国家橡胶树育种中心

关键词： 巴西橡胶树;甲基化过滤;基因富集;文库构建

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2010 年 32 卷 10 期

页码： 1071-1076

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为高通量富集橡胶树基因编码序列,文章首次利用大肠杆菌McrBC限制修饰系统构建了巴西橡胶树基因组甲基化过滤文库。该文库未扩增和扩增后的滴度分别为2.6×106pfu/mL和9×109pfu/mL,阳性克隆率为86.4%,插入片段大小为1～2.5kb,平均长度为1.2kb。随机挑选100个克隆进行测序,共拼接出81个非冗余序列,其中包括6个重叠群(Contigs)和75个单一序列(Singlets),冗余度为17.35%。Blast分析发现,39.5%非冗余序列与Nr库中功能基因同源,14.81%与EST数据库中序列同源,32.1%序列为未知序列,且部分序列为开花调控、抗虫和抗病等功能相关的同源基因。橡胶树甲基化文库的建立为橡胶树重要功能基因发现和克隆提供一条重要途径。

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