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基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析

文献类型: 中文期刊

作者: 孙倩 1 ; 邹枚伶 2 ; 张辰笈 2 ; 江思容 2 ; Eder Jorge de Oliveira 3 ; 张圣奎 4 ; 夏志强 2 ; 王文泉 2 ; 李有志 1 ;

作者机构: 1. 广西大学生命科学与技术学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室

2. 中国热带农业科学院热带生物技术研究所

3. Embrapa Mandioca e Fruticultura

4. 齐鲁工业大学

关键词: 木薯;SNP;InDel;遗传多样性;群体结构

期刊名称: 作物学报

ISSN: 0496-3490

年卷期: 2021 年 001 期

页码:

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析.结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群.这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉.巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29).巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数.各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228.本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据.

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