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基于二代测序数据开发以93-11为亲本的水稻SNP-dCAPS标记的研究实例

文献类型： 中文期刊

作者： 杨广阔 1 ; 陈子强 2 ; 陈在杰 2 ; 苏军 2 ; 陈松彪 2 ; 王锋 2 ;

作者机构： 1.福建农林大学生命科学学院

2.福建农林大学生命科学学院;福建省农业科学院生物技术研究所,福建省农业遗传工程重点实验室

关键词： 水稻;93-11;单核苷酸多态性;衍生剪切扩增多态性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2014 年 12 卷 06 期

页码： 1288-1295

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 作为第一个全基因组序列被测定的籼稻材料,93-11,已成为开展水稻分子遗传、功能基因定位和克隆等研究的最重要亲本之一。公共数据库公布的93-11序列为开发水稻SNP标记奠定了重要基础,但其序列中存在的部分错误,也给相应研究工作带来困扰。本研究通过双重参考日本晴序列和93-11序列,进行候选SNP位点碱基多重比对,建立了一个推测、甄别93-11公共数据库误差序列,开发SNP标记的实践方法。基于本研究建立的方法,针对一个涉及稻瘟病抗性材料P400突变基因所定位区间,结合d CAPS策略,展示了高效开发SNP-d CAPS标记的实例。研究结果表明,本研究建立的方法对利用93-11为亲本,开展水稻功能基因分离等工作,有积极的借鉴意义。

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