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利用Imaris软件对电子断层成像图像进行高通量三维测量

文献类型： 会议论文

第一作者： 宋西娇

作者： 宋西娇 1 ; 谢礼 2 ; 洪健 2 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院公共实验室

2.浙江大学农生环测试中心

关键词： 电子断层成像技术;图像处理;高通量三维测量;Imaris软件

会议名称： 第五届全国微束分析技术标准宣贯会暨第二届全国电镜维护管理与教学论坛

主办单位： 中国物理学会`中国电子电镜学会`全国微束分析标准化技术委员会

页码： 00000105-00000107

摘要： 电子断层成像技术(Electron tomography,简称ET)是研究切片内纳米尺度物体三维结构的主流方法,广泛应用于解析生物体各种纳米尺度的超微结构.运用ET技术获得三维密度图后,对图像进行处理的质量决定了结构的分辨、解析以及后续对该结构生物学意义的解读.ET的图像处理的过程包括降噪,展示,分割渲染、基于Fourier Shell Correlation(FSC)方法的分辨率估算和测量统计.针对图像处理过程中各步骤的不同需求,人们开发了不同特点的软件.例如软件Imod中非线性各向异性滤波模块用于图像的降噪.软件Chimera用于图像展示并同时分析测量蛋白的分子键.分割是ET图像处理中重要步骤,其好坏直接决定了实验目的是否达成.图像分割常用软件Imod中的'3dmod,模块或软件Amira,它们能提供较大自由度的手动分割针对不规则结构.Imod和Amira也能提供了基于灰度识别或规则形状的自动/半自动分割,但可设置的参数较少,无法实现较强的针对性.手动分割的大工作量会使高通量分析变得困难.测量也是图像分析的重要步骤,对结构的测量能为分析其生物学意义提供依据.

分类号： TP391.41

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