五指山猪MYH基因家族结构变异对背最长肌肌纤维性状的影响

文献类型： 中文期刊

第一作者： 任钰为

作者： 任钰为;王峰;孙瑞萍;张艳;刘海隆;林燕宁;洪玲玲;黄潇仙;晁哲

作者机构：

关键词： 五指山猪;肌纤维;结构变异;蛋白结构域;相关性

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 55 卷 011 期

页码： 4912-4924

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过探究五指山猪背最长肌MYH基因家族结构变异(SVs)对背最长肌肌纤维性状的影响，为深入理解肌纤维生长规律和分子机制提供基础。研究对象为五指山猪，采用大白猪作为对照组。屠宰前一周将3头五指山猪(4月龄母猪，平均体重14.2 kg)和3头大白猪(4月龄母猪，平均体重58.0 kg)饲养在相同的环境中，饲喂充足的食物和水，所有猪饥饿处理24 h之后屠宰。采集6头猪背最长肌组织，提取完整DNA,PacBio平台建库测序，每个样本测序大约40 Gb,测序数据与参考基因组(Sscrofa 11.1)比对，使用Sniffles和PBSV软件的默认参数检测SVs,过滤条件：50 bp≤SVs≤10 kb;提取每头猪背最长肌总RNA,转录组测序，计算基因表达量；统计五指山猪和大白猪SVs在染色体上分布位置和数目，比较五指山猪相对于大白猪SVs差异，筛选五指山猪特异性SVs,构建五指山猪MYH基因家族系统发育树，预测结构域，分析MYH基因表达量与肌纤维指标相关性。结果表明：1)五指山猪共有7个特异性MYH基因，主要分布在第3、5、6、12、13号染色体，第12号染色体包含3个MYH基因；2)系统进化树显示，五指山猪7个MYH基因分化为2个分支，分别编码非肌肉肌球蛋白和肌肉肌球蛋白，MYH9与MYH11基因、MYH1与MYH4基因同源性最高；7个MYH基因都包含结构域Motor domain, 5个MYH基因包含结构域Myosin-N,MYH基因头部结构域(Myosin-N和Motor domain)相对保守，中间和尾部结构域差异较大；其中五指山猪MYH1、MYH4和MYH9基因包含SVs而大白猪没有SVs,皮尔森系数统计表明，MYH基因是否包含SVs可能与基因表达量相关；综合转录组测序和Q-PCR试验，检测这3个MYH基因的表达量与肌纤维指标相关性，MYH1基因表达量与肌纤维密度和数量正相关，MYH4基因表达量与肌纤维密度和数量负相关，MYH9基因表达量与肌纤维密度负相关，与直径正相关。综上所述，五指山猪第12号染色体上特异性MYH基因最多；MYH基因家族主要分化为非肌肉肌球蛋白和肌肉肌球蛋白2个分支；MYH蛋白头部结构域相对保守，中间和尾部结构域差异可能是造成MYH基因家族分化的主要原因；MYH1、MYH4和MYH9基因表达量均与肌纤维密度相关，可能通过调控背最长肌肌纤维密度影响肌肉生长发育。本研究不仅扩展了肌纤维生长发育的分子机制相关内容，也为优化结构变异有关的遗传育种模式提供借鉴。

分类号： S828.2

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