基于全基因组重测序的不结球白菜KASP分子标记开发与应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张艳

作者： 张艳;沈卓;杨易;周轩;吴增祥;黎庭耀

作者机构：

关键词： 不结球白菜;KASP分子标记;遗传多样性分析;DNA指纹图谱

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2025 年 56 卷 002 期

页码： 613-621

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】基于全基因组重测序数据开发不结球白菜KASP分子标记，以期丰富该物种的遗传信息，为不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种提供技术支持。【方法】对2份不结球白菜高代自交系C40和JY70进行全基因组及DNA重测序及比对分析，挑选出差异SNP位点用于KASP分子标记开发，并对55份不结球白菜种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建。【结果】C40和JY70之间基因型不一致、测序深度大于10X且等位基因纯合的SNP位点有460849个。每条染色体上选择分布相对均匀的15个SNP位点设计成KASP引物，利用150对KASP引物对C40和JY70进行基因型分型检测，发现有86对引物成功分型，基于其对55份不结球白菜种质资源的基因型分型结果，筛选获得41个在不结球白菜中扩增质量高的KASP分子标记。41个KASP分子标记对55份不结球白菜种质资源的遗传多样性分析结果显示，其主要等位基因频率为0.5000～0.9273，平均为0.6643；基因多样性指数为0.1349～0.5000，平均为0.4257；多态性信息含量（PIC）为0.1258～0.3750，平均为0.3322,PIC>0.2500的位点占所有位点的94.5%，多态性较高。55份不结球白菜种质资源分为三大类群，相同类型的种质资源聚类在一起，其中地理来源相同的资源又聚类在一起，有效地反映了种质间的亲缘关系。利用PIC最高的15个KASP分子标记构建了55份不结球白菜种质资源的DNA指纹图谱。【结论】开发获得41个不结球白菜KASP分子标记，可用于不结球白菜种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种。

分类号： S634.3

  • 相关文献

[1]基于SNP分子标记构建黄瓜指纹图谱. 王欣,张鹏,朱育强,孙玉燕,董文其,周胜军. 2024

[2]基于核心KASP标记的江苏粳稻品种DNA指纹图谱构建. 朱小品,徐婷婷,孟珊,杨雪,杨欣,朱银,狄佳春,郭春滨,王宁,颜伟. 2024

[3]单粒蔬菜种子DNA快速提取方法的建立. 杨帆,武剑,常立春,张涛,朱海峰,梁建丽,高杰,王晓武. 2024

[4]辣椒高多态性KASP标记的开发. 张涛,常立春,郭春贵,张立国,武剑,梁建丽,高杰,王晓武. 2023

[5]基于KASP技术开发检测水稻耐高温TT1基因型的分子标记. 姚瑶,李瑶,程灿,孙滨,周继华,张安鹏,牛付安,黄祎雯,曹黎明,储黄伟. 2024

[6]贵州省甘蓝型油菜主推品种的SSR遗传多样性分析(英文). 张敏琴,王仙萍,韩宏仕,李敏,雷绍林. 2014

[7]贵州省甘蓝型油菜主推品种的SSR遗传多样性分析. 张敏琴,王仙萍,韩宏仕,李敏,雷绍林. 2013

[8]基于SSR标记的六倍体小黑麦遗传多样性分析. 胡立芹,张超,徐林涛,张一铎,马莹雪,王洪刚. 2015

[9]冬枣×宁梨巨枣的子代SRAP鉴定及遗传多样性分析. 张明慧,宋玉霞,赵世华,丁婕,张国庆,张勤,刘廷俊. 2014

[10]马铃薯种质资源遗传多样性分析及杂交子代SRAP鉴定. 程永芳,张明慧,巩檑,杨琴,宋玉霞. 2015

[11]基于SSR标记的芍药种质资源遗传多样性研究. 李珂楠,杨成龙,范竟超. 2020

[12]40份糜子品种的表型性状鉴定与遗传多样性分析. 景小兰,李志华,董旭,李海. 2018

[13]SNP分子标记及其在木本植物遗传育种的应用. 周琳,段玉,文博,马媛春,朱旭君,王玉花,房婉萍. 2018

[14]洋葱种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析. 刘湘萍,杜敏霞,赵彦,王葆生,刘燕,廉勇,狄洁增,徐卫忠. 2021

[15]不同来源高粱品系农艺性状及品质性状遗传多样性分析. 张海燕,史红梅,周福平,杨彬,李爱军. 2021

[16]24份枸杞种质资源SSR遗传多样性分析. 甘晓燕,郭玉琴,巩檑,陈虞超,聂峰杰,张丽,宋玉霞. 2020

[17]基于SSR标记的野生荷花遗传多样性分析及指纹编码构建. 徐君,尹江海,李欣,李军,靖晶,王欢,姜红卫. 2020

[18]200份陆地棉种质资源农艺性状遗传多样性分析. 王俊铎,龚照龙,梁亚军,艾先涛,郭江平,莫明,李雪源,郑巨云. 2020

[19]小麦种质材料赤霉病抗性鉴定及遗传多样性分析. 朱靖环,王其飞,华为,徐芹. 2020

[20]薏苡种质资源的AFLP遗传多样性分析. 杨成龙,周明强,班秀文,李志芳,黎青,刘凡值. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序