菠萝密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈哲

作者： 陈哲;胡福初;王祥和;范鸿雁;张治礼

作者机构：

关键词： 菠萝;基因组;密码子偏好性;GC;ENC;RSCU;最优密码子

期刊名称： 果树学报

ISSN： 1009-9980

年卷期： 2017 年 08 期

页码： 946-955

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析菠萝[Ananas comosus(L.)Merr.]基因组中编码CDS的密码子使用偏好性,为了解菠萝的密码子偏好性规律和进行分子改造提供理论基础,促进植物密码子的生物学研究。【方法】以菠萝基因组测序获得的30 663条编码CDS为数据来源,应用编写的perl脚本、CUSP和SPSS软件对序列进行密码子偏好性、双联密码子以及多元统计分析。【结果】菠萝基因组数据中的编码CDS的GC平均含量为52.09%,密码子中第3位核苷酸的GC平均含量(GC3S)为55.41%,有效密码子数(ENC)取值为58.41,绝大部分的ENC值都大于35。另外,确定了34种高频密码子(RSCU值大于1),其中仅有8个以AT碱基结尾,25个以CG碱基结尾;同时确定了31种高优越表达密码子。结合以上结果,最后筛选出13种最优密码子。通过与17种植物的GC3S和密码子使用频率进行比较,发现双子叶植物与单子叶植物的GC3S和密码子使用频率存在较大差异,而菠萝较其他单子叶植物与双子叶植物更接近。【结论】从不同基因、基因内不同位置以及不同植物3个层面对菠萝密码子的偏好性进行分析,筛选出13种菠萝最优密码子。该研究有助于更好地了解菠萝密码子偏好性规律,促进植物密码子生物学研究及基因组数据在非模式植物中的潜在应用。

分类号： S668.3

  • 相关文献

[1]香蕉基因组密码子使用偏好性分析. 黄羽,卢江,魏征,尹玲. 2017

[2]2种果蝇(Drosophila melanogaster与D.sechellia)线粒体及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性分析. 王鹏飞,高欢欢,苏玲,蒋锡龙,吴新颖,杨立英,任凤山,王咏梅. 2018

[3]籽粒苋叶绿体基因组密码子偏好性分析. 冯瑞云,梅超,王慧杰,雷梦林,田翔,侯雅静. 2019

[4]普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析. . 2019

[5]扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析. 田春育,武自念,李贤松,李志勇. 2021

[6]高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子偏好性分析. 李亚麒,严炜,娄予强,黄家雄,胡发广,付兴飞,李亚男,程金焕. 2023

[7]复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析. 肖明昆,聂恺宏,沈绍斌,刘倩,段春芳,李月仙,张林辉. 2023

[8]芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析. 唐玉娟,赵英,黄国弟,付海天,宋恩亮,李日旺,金刚. 2021

[9]冬凤兰叶绿体基因组密码子使用偏好性分析. 晋宇轩,杜致辉,杨澜,石乐娟,陈之林. 2023

[10]小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析. 李亚麒,黄家雄,娄予强,付兴飞,王健敏,李亚男,吕玉兰,李贵平,程金焕. 2023

[11]茄腐镰孢(Fusarium solani)线粒体基因组密码子偏好性分析. 李秀璋,宋辉,李春杰. 2015

[12]草菇密码子偏好性分析. 蒋玮,吕贝贝,何建华,王金斌,吴潇,武国干,鲍大鹏,陈明杰,张劲松. 2014

[13]高山松叶绿体基因组密码子偏好性模式. 李江飞,李亚麒,唐军荣,陈诗,陈林,蔡年辉,许玉兰,唐红燕. 2023

[14]尖孢镰刀菌全基因组密码子偏好性及特征分析. 路景诗,赵远征,王东,李晓杰,彭静文,张龙梅,张晓明. 2022

[15]基于RNA-Seq的莲雾密码子偏好性分析. 胡福初,陈哲,郭利军,罗志文,陈业光,范鸿雁,王祥和. 2017

[16]霸王密码子偏好性分析. 吉德娟,王占林. 2023

[17]云南樟叶绿体基因组密码子偏好性分析. 肖明昆,严炜,熊贤坤,沈绍斌,宋记明,易怀锋,张林辉. 2022

[18]甘蔗属种及其近缘属种蔗茅的全基因组密码子偏好性分析. 田春艳,李旭娟,李纯佳,毛钧,刘新龙. 2024

[19]橄榄叶绿体基因组密码子偏好性特征. 赖瑞联,陈瑾,冯新,覃振师,陈义挺,沈朝贵,田奇琳,吴如健. 2022

[20]二倍体紫苏线粒体基因组特征及其系统发育分析. 王茹,罗永坚,邱道寿. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序