基于特定序列的长牡蛎视黄酸反应元件预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李言柯

作者： 李言柯;徐晓莹;魏磊;黄宝玉;张美溦;韩怡静;刘雅琼;王晓梅;王晓通

作者机构： 鲁东大学农学院;烟台市海洋经济研究院;中国水产科学研究院长岛增殖实验站

关键词： 长牡蛎;视黄酸受体;视黄酸反应元件;基因组;Perl

期刊名称： 海洋通报

ISSN： 1001-6392

年卷期： 2023 年 42 卷 004 期

页码： 398-406

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 视黄酸受体和核受体超家族中的大部分成员对细胞整个分化、增殖过程都具有调控功能.视黄酸受体结合配体后激活,通过结合靶基因启动子区特定的核苷酸序列调控靶基因表达.视黄酸受体结合序列是由核心序列[A/G]G[T/G]TCA间隔不同碱基构成的重复序列,称为视黄酸反应元件.为了实现对长牡蛎基因组中含有的视黄酸反应元件的快速筛选预测,本研究利用Perl工具编写了一个可以批量筛选视黄酸反应元件的脚本,并对长牡蛎基因组中启动子区域序列进行筛选预测,共筛选到412个启动子区含有视黄酸反应元件的基因.随后,将这些基因在各种数据库中比对分析,预测其参与的生物学过程及可能的生物学功能.结果显示,大部分基因与蛋白质结合、核苷酸结合、水解酶活性、蛋白激酶活性等功能有关.

分类号： P714+.5%Q811.4%TP313

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