扁茎黄芪转录组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 武悦

作者： 武悦;陈阳;王星哲;单飞彪;张勇;孙鸿举

作者机构：

关键词： 扁茎黄芪;转录组;生物信息学;Unigene;分子标记

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2022 年 37 卷 001 期

页码： 42-49

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得扁茎黄芪转录组信息及功能基因表达特征,以扁茎黄芪的幼苗叶片为材料,利用Illumina HiSeq平台进行转录组测序及生物信息学系统分析.结果显示,共获得扁茎黄芪Unigene 19280条,总长23472470 bp,其中GC含量达42.74%,测序质量和组装效果较好.通过Blast分析后,分别有12541,10120,9412,8953,7494,5052条Unigene在Nr、Swiss-Prot、GO、KEGG、KOG、COG数据库获得注释.注释到的扁茎黄芪Unigene同源物种以豆科植物为主,尤其是与其同属蝶形花亚科的鹰嘴豆、蒺藜苜蓿和相思子匹配度较高,分别占31.49%,14.50%,11.65%;扁茎黄芪注释Unigene涉及3个GO类别,354条KEGG代谢通路和25个KOG功能分类,其中富集最多的类别分别为代谢过程、一般功能预测和嘌呤代谢,说明扁茎黄芪幼苗期的叶片细胞具有活跃的新陈代谢活动,基因表达丰富.另外,扁茎黄芪Unigene在KEGG数据库中的感染性疾病类别获得较多注释,表明其植株部位也可能具有药用价值.利用MISA软件挖掘到5849个SSR位点,SSR出现频率30.34%.扁茎黄芪基因组内SSR位点丰富、类型多样化,单碱基至六碱基重复全部出现,其中单碱基丰度最高,占40.56%,以A/T、AG/CT和AAG/CTT为优势基元.

分类号： Q78%S567.03

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