长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 章双杰

作者： 章双杰;王靖;杨建生;李慧芳;宋卫涛;许金根;华国浩;叶彩芳;林雨鑫

作者机构：

关键词： 鸭;全基因组;重测序;系统进化树;拷贝数变异

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2016 年 38 卷 23 期

页码： 5-9

收录情况： 北大核心

摘要： 为全面了解长江下游地区兼用型鸭的遗传多样性,对该地区娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭的血液进行了全基因组重测序分析。4个样本平均测序深度和覆盖率分别为11.7×和97.19%;通过与北京鸭基因组进行比对,娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭分别检测到7 711 254、8 137 855、7 299 539和7 962 102个SNP,1 145 846、1 239 348、958 379和1 121 697个Indel以及1 777、1 949、1 556和1 088个CNV,这些变异大部分分布在基因间或者是基因内的内含子区;通过群体系统进化树分析和CNV交集分析发现娄门鸭和昆山麻鸭为一类,巢湖鸭和高邮鸭为一类。测序分析结果真实反映了各鸭种在遗传上的差异,与其地理分布基本一致。

分类号： S834.2

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