基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 初芹

作者： 初芹;李东;侯诗宇;石万海;刘林;王雅春

作者机构：

关键词： 奶牛;DNA池;SNP标记;基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术;最小等位基因频率

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2014 年 36 卷 07 期

页码： 691-696

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 首先选择139个牛SNP标记,利用DNA池测序法,根据测序峰图中不同碱基信号峰高的比值确定了92个SNP为高信息量标记(比值>1/2);为了进一步验证筛选的准确性,对其中59个标记采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术检测了122头荷斯坦牛的基因型。结果显示,检出率高于85%的标记有56个,其平均最小等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)为0.41,最小值为0.27,最大值为0.5;MAF>0.3的标记有54个,占96.4%(54/56)。文章结果表明,采用DNA池测序法筛选高信息量SNP标记是可行和可信的。

分类号： S823

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