低温胁迫对冰菜转录组水平响应分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赖正锋

作者： 赖正锋;姚运法;林碧珍;练冬梅;洪建基

作者机构：

关键词： 冰菜;转录组;差异表达基因;淀粉和蔗糖代谢

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 022 期

页码： 7348-7358

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用二代高通量测序技术对低温胁迫处理的冰菜进行测序,构建冰菜转录组数据库。分别得到24.13 Gb有效数据和24 045条Unigene的注释,得到DEGs 1 902个（T0 vs T1）和2 134个（T0 vs T2）。T0 vs T1组和T0 vs T2组分别有40和41个功能小类化归GO数据库;分别有20和24个功能分类注释到KOG数据库;155和272条基因注释到KEGG数据库,并分别富集在74和105条代谢通路。T0 vs T1组DEGs主要注释到植物信号转导等4个代谢通路;T0 vs T2组DEGs注释到苯丙醇类生物合成等11个代谢通路,其中正向影响代谢途径:丙酮醇类生物合成、嘌呤代谢、谷胱甘肽代谢、脂肪酸代谢、类黄酮代谢、氨基酸的生物合成代谢途径等;负向影响代谢途径:植物-病原互作、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等途径。通过对淀粉和蔗糖代谢途径关键基因分析表明:低温胁迫1 h （T1）,海藻糖6-磷酸合酶、海藻糖-6-磷酸酯酶、β-淀粉酶、葡萄糖-1-磷酸腺苷酰转移酶、糖原磷酸化酶等5个关键基因表现为上调表达,未见下调表达基因;低温胁迫36 h （T2）,海藻糖-6-磷酸合酶、己糖激酶、β-淀粉酶等3个关键基因上调表达,葡萄糖内酯-1,3-β-葡萄糖苷酶基因下调表达。选取淀粉和蔗糖代谢途径中8个DEGs,经RT-qPCR分析,8个DEGs的相对表达量与转录组表达水平相符。

分类号： S649

  • 相关文献

[1]硒处理下冰菜的转录组响应及相关基因功能分析. 姚运法,练冬梅,林碧珍,赖正锋,洪建基. 2021

[2]冰菜盐胁迫下的转录组分析. 练冬梅,赖正锋,姚运法,林碧珍,洪建基. 2019

[3]基于高通量测序的青花菜早期发育小孢子转录组分析与基因功能注释. 张振超,姚悦梅,毛忠良,孙国胜,秦文斌,戴忠良. 2018

[4]感染球孢白僵菌的家蚕免疫应答差异表达基因分析. 侯成香,覃光星,耿涛,高坤,潘中华,钱荷英,郭锡杰. 2014

[5]福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织比较转录组分析. 吴贤锋,李文杨,刘远,张莹,黄勤楼. 2019

[6]外源赤霉素诱导矮生山茶恨天高植株生长的转录组分析. 王江英,朱朋波,汤雪燕,孙明伟,葛金涛,赵统利,李纪元,惠林冲,邵小斌. 2020

[7]玫瑰茄转录组测序及花青素合成相关基因表达分析. 练冬梅,赖正锋,姚运法,张少平,林碧珍,洪建基. 2020

[8]美国红枫叶片转录组分析. 郭聪,王莹,谈峰,陈燕,李玉娟. 2020

[9]感染和未感染南方水稻黑条矮缩病毒的白背飞虱成虫唾液腺转录组比较分析. 刘玉娣,王香萍,侯茂林. 2018

[10]马铃薯萌芽出苗期根系对水分胁迫的响应机理分析. 王晓娇,蒙美莲,曹春梅,逯春杏,许飞. 2019

[11]福清山羊与努比亚黑山羊背最长肌比较转录组分析. 刘远,李文杨,吴贤锋,黄勤楼,高承芳,陈鑫珠,张晓佩. 2019

[12]红白果肉颜色火龙果果肉转录组分析和基因功能注释. 吴亚维,徐娟,韩秀梅,张兴无,洪怡,文晓鹏. 2019

[13]亚麻响应低钾胁迫转录谱分析. 黄文功,姜卫东,姚玉波,宋喜霞,刘岩,陈思,赵东升,吴广文,袁红梅,任传英,孙中义,吴建忠,康庆华. 2021

[14]卡尼鄂拉蜂越冬工蜂咽下腺转录组学分析. 范荣莉,王康,蔺哲广,张文文,刘振国,梁勤,陈国宏,吉挺. 2020

[15]植物响应干旱的转录组学研究进展. 倪知游,梁东,高帆,胡容平,夏惠. 2018

[16]花椰菜苗期黑腐病抗、感品种转录组差异表达分析. 姚玉荣,霍建飞,郝永娟,贲海燕,王万立. 2020

[17]基于RNA-Seq分析褪黑激素对绒山羊皮肤基因表达的影响. 丽春,付绍印,王建蒙,王位. 2018

[18]低温诱导稻曲病菌菌核形成的转录组学分析. 吕楚阳,邓平川,张晓丽,孙钰超,梁五生,胡东维. 2020

[19]黄秋葵对南方根结线虫抗性的转录组分析. 练冬梅,赖正锋,姚运法,林碧珍,洪建基. 2020

[20]鸭不同羽色毛囊组织差异表达基因转录组测序分析. 蒋兵兵,黄曼曼,白天,曾涛,陈黎,沈军达,陶争荣,周玮,刘国发,卢立志,李海英. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序