山东省主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 段乃彬

作者： 段乃彬;马玉敏;王昆;王效睦;谢坤;白静;杨永义;蒲艳艳;宫永超

作者机构： 山东省农业科学院山东省农作物种质资源中心;中国农业科学院果树研究所

关键词： 栽培苹果;基因组;重测序;SNP位点开发

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 021 期

页码： 7055-7066

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为促进苹果品种快速鉴定、种质资源评价及选择利用,本研究对山东省31个栽培苹果开展了重测序及SNP位点挖掘研究。样品DNA提取自叶片,并按照Illumina操作手册制备双端文库。经由Hiseq 4000平台对31个苹果基因组进行重测序,共产生了363 Gb的高质量序列,平均每样品12.5 Gb,这代表了苹果基因组大约15.9倍覆盖度。充分满足重测序分析及SNP位点挖掘的需要。错配率比较试验发现随着错配率逐渐升高,比对率逐渐升高至饱和。其中总比对率、成对数据比对率及单端数据比对率与错配率呈现显著相关（P<0.000 1）,均符合一元四阶方程（回归系数R2>0.99）。随着错配率提高,比对严谨度降低;基因组覆盖度逐渐升高,杂合位点准确度逐渐提高。采用两种算法所得到的位点,根据‘染色体+位点信息’作为特征值取交集,得到高可靠的单碱基SNP位点数据集:共检测到374 404个变异,平均每隔1 896个位点能够检测到一个变异,桑格验证试验准确度高达98.1%。SNP的功能注释分析结果显示在全部373 763个位点中有143 269个（38.27%）位于基因间区,25 047个（6.7%）位于基因编码区,179 426个（47.92%）位于基因上游-下游的2 kb区域。在所有编码区SNP里,有13 422个是非同义变异位点,11 625个是同义变异位点。两种SNP比率为1.15∶1。进一步利用过滤的4DTV位点,采用邻接算法构建的聚类分析结果符合山东省栽培苹果分类的趋势。

分类号： S661.1

  • 相关文献

[1]大粒香基因组重测序分析. 龙武华,刘毅,姜雪,李祖军,吴娴,朱速松. 2024

[2]基于两种对虾参考基因组的中国明对虾性别分化区域初步探查. 王琼,李健,何玉英. 2023

[3]30份工业大麻种质资源的遗传多样性分析及指纹图谱构建. 陈珊宇,孟思洁,田燕,倪海滨,阮关海. 2023

[4]藏猪的基因组重测序初步分析. 赵梦诗,普布扎西,李兆龙,施少华,赵红阳,李沛民,周彪,邱金华. 2025

[5]新疆野苹果和栽培苹果特异性SSR标记开发及应用. 于少帅,赵文霞,姚艳霞,淮稳霞,覃伟权,阎伟. 2020

[6]长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫. 2016

[7]利用混池重测序鉴定萨福克绵羊超数排卵关键调控基因. 滑留帅,辛晓玲,王璟,罗生金,曾滔,巴提玛,施巧婷,徐照学,王二耀. 2019

[8]利用重测序染色体片段代换系群体定位水稻籽粒长宽比QTL. 卫纯洁,陶亚军,范方军,李文奇,王芳权,许扬,陈智慧,仲维功,杨杰,王军. 2020

[9]不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析. 贾小平,张博,全建章,李剑峰,王永芳,袁玺垒. 2019

[10]基于重测序番茄InDel标记的开发. 张国儒,唐亚萍,杨涛,帕提古丽,王柏柯,李宁,王娟,李晓琴,余庆辉,杨生保. 2019

[11]基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用. 陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇. 2019

[12]基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用. 陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇. 2019

[13]利用重测序技术开发高粱多态性SSR分子标记. 王平,王春语,张丽霞,丛玲,朱振兴,陆晓春. 2019

[14]全基因组选择技术在反刍动物遗传育种中的研究进展及其应用. 张顺进,寇浩玮,丁晓婷,刘贤,蔡雯雯,张子敬,施巧婷,茹宝瑞,雷初朝,黄永震. 2021

[15]基于重测序的芥蓝(Brassica alboglabra)全基因组InDel标记开发. 洪晓如,吴智明,陈汉才,黎庭耀,沈卓,张艳. 2021

[16]基于高密度SNP遗传图谱的粳稻芽期耐低温QTL鉴定. 姜树坤,王立志,杨贤莉,李波,母伟杰,董世晨,车韦才,李忠杰,迟力勇,李明贤,张喜娟,姜辉,李锐,赵茜,李文华. 2020

[17]基于高通量测序的大麦InDel标记开发及应用. 徐婷婷,汪巧玲,邹淑琼,狄佳春,杨欣,朱银,赵涵,颜伟. 2020

[18]长三角地区兼用型鸭全基因组遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫,刘怡. 2017

[19]利用SLAF-seq结合BSA方法发掘大豆种皮色相关基因. 郁晓敏,金杭霞,杨清华,傅旭军,郭丹丹,吕晓男,袁凤杰. 2021

[20]耐盐转基因大豆事件AtARA6-A001外源插入片段侧翼序列及其应用. 孙星邈,侯云龙,王英哲,关诗宇,邱红梅,张玲. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序