急性病毒性坏死病毒魁蚶株IAP-86基因全长cDNA克隆和生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张帅

作者： 张帅;王崇明;岳志芹;宋晓玲;白昌明;尹伟力;黄倢

作者机构：

关键词： 急性病毒性坏死病毒;魁蚶;细胞凋亡抑制蛋白;c DNA末端快速扩增技术;生物信息学

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 1000-7075

年卷期： 2015 年 36 卷 01 期

页码： 85-90

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通过c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得ORF86 5?端和3?端的非编码区,拼接获得全长c DNA序列。Blast序列比对显示,该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%,与栉孔扇贝AVNV的同源性为99%,并存在重叠基因。生物信息学分析预测,该蛋白不含信号肽,不存在跨膜区,最大疏水指数为1.800,最小疏水指数为–3.456。该蛋白存在8个潜在的磷酸化位点(包括5个丝氨酸、1个苏氨酸和2个酪氨酸),存在1个潜在的O-糖基化位点,不存在潜在的N-糖基化位点;其抗原表位主要集中在8-11、14-16、28-39、75-76、88-95、97-100和147-158位氨基酸。推测该株病毒可能为牡蛎疱疹病毒的变异株,并且基因重叠在该类病毒进化过程中可能扮演重要角色。

分类号： S944

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