基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陶璇

作者： 陶璇;杨雪梅;梁艳;刘一辉;汪勇;孔繁晶;雷云峰;杨跃奎;王言;安瑞;杨坤;吕学斌;何志平;顾以韧

作者机构：

关键词： 丫杈猪;SNP芯片;遗传多样性;遗传结构

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2023 年 06 期

页码： 2308-2319

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率，分析丫杈猪群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵，分析丫杈猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示，166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点，通过质量控制的SNP位点有36 243个；有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系；ROH片段共有3 226个，其中40.96%的长度在0～100 Mb之间，基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明，丫杈猪公猪被分为8个血缘，数量与传统系谱记录的相同，但血缘间有个体差异。综上所述，丫杈猪保种群的有效群体含量偏低，遗传多样性中等偏低，近交程度不严重，可引入或创建新血缘，扩大有效群体含量，提高群体遗传多样性。

分类号： S828.2

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