从公共数据库中利用数据挖掘的方法开发15条黄金鲈EST-SSR标记（英文）

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王丹

作者： 王丹;姚红;王卫民;邹桂伟;王汉平

作者机构：

关键词： 黄金鲈; EST;微卫星; EST-SSR;基因注释

期刊名称： 水生生物学报

ISSN： 1000-3207

年卷期： 2018 年 42 卷 06 期

页码： 1186-1193

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 黄金鲈是美国中西部地区重要的淡水经济型鱼类。TypeⅠ型标记对于比较作图和遗传学研究有相当重要的作用,但是黄金鲈的TypeⅠ标记数量相当少。研究通过数据挖掘的方法从公共数据库中挖掘黄金鲈的TypeⅠ型即EST-SSR标记。实验结果分析了21968条EST序列,约14.4%的序列包含不同类型的核心重复单元。CA重复是最丰富的二碱基重复单元。从中挑选62条包含SSR的EST序列设计引物,筛选得到15对多态的微卫星位点。群体遗传学参数显示15对EST-SSR位点的等位基因数范围为4—19(平均数为9),观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.103—0.929和0.116—0.934,有4个位点偏离HWE平衡。研究得到的EST-SSR标记适用于黄金鲈的群体遗传学和基因组作图研究。

分类号： S917.4

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