大豆长片段插入/缺失标记的开发与应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李曼

作者： 李曼;史晓蕾;邸锐;刘志芳;孟庆民;付才;杨春燕;王冬梅;张孟臣;张洁;闫龙

作者机构： 华北作物改良与调控国家重点实验室河北省植物生理与分子病理学重点实验室河北农业大学生命科学学院;河北省农林科学院粮油作物研究所国家大豆改良中心石家庄分中心农业农村部黄淮海大豆生物学与遗传育种重点实验室河北省作物遗传育种实验室;河北省种子总站;河北省农林科学院遗传生理研究所

关键词： 大豆;分子标记;长片段插入/缺失标记;遗传多样性分析

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2022 年 37 卷 001 期

页码： 18-26

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记,以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料,通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记,并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建.结果表明,在参试材料中,共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66561个,平均每条染色体InDel标记的数量为3262个;位于内含子的InDel占比12.35%,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83%,20.44%,位于基因间隔区的InDel占比34.39%,位于外显子的InDel占比0.19%,位于5′-UTR和3′-UTR的InDel占比分别为0.93%和1.51%;片段长度介于20~40 bp的InDel数量为42453个,41~60 bp为13044个,61~80 bp为5034个,81~100 bp为2285个,大于100 bp为2413个;从检测到的66561个InDel位点中,根据插入/缺失片段长度,在基因组中随机选区160个InDel位点,利用引物设计、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,在55℃的退火温度条件下,开发出32个有且仅有2个等位变异、基于1%琼脂糖凝胶电泳技术易于分辨的长片段插入/缺失标记.应用新开发的32个标记,构建了2018年黄淮海大豆多点鉴定96个参试品系DNA指纹图谱,参试的大豆材料纯度为96.84%,没有同物异名现象发生.研究开发的InDel标记稳定可靠、操作简便,可应用于大豆DNA指纹图谱构建、种子纯度检测等工作.

分类号： Q78%Q565.03

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