十字花科植物SOM基因的鉴定及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陶鹏

作者： 陶鹏;钟新民;李必元;王五宏;岳智臣;雷娟利

作者机构：

关键词： 十字花科;SOM;启动子;进化;基因表达

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 07 期

页码： 1623-1630

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： SOMNUS(SOM)基因编码一个CCCH型锌指蛋白,是PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR3-LIKE5(PIL5)下游的关键负调控因子,参与调控种子的萌发。本研究从十字花科12个物种的全基因组数据库中鉴定了17个SOM基因,其中芸薹属物种白菜、甘蓝和甘蓝型油菜中均包含2个及以上的SOM基因。预测这17个SOM蛋白的等电点和分子量,结果显示La SOM蛋白明显不同于其他的SOM蛋白。氨基酸序列比对显示La SOM蛋白缺失了部分氨基酸序列,但所有的SOM蛋白均包含保守的3个锌指基序,其中2个CCCH型的锌指基序。对这些SOM基因的组织结构进行分析,结果显示:只有La SOM基因存在一个内含子,其他SOM基因均没有内含子,暗示La SOM基因在进化过程中获得了内含子,并导致La SOM蛋白缺失部分序列。启动子分析显示每个SOM基因起始密码子上游1 000 bp的启动子中至少有2个E-box元件。白菜RNA-seq数据显示Br SOM1在根、茎、叶、花和角果中均不表达,仅在胚胎发育阶段的早期子叶胚和成熟胚中有表达。而Br SOM2在根、茎、叶和花中均有表达,Br SOM2在胚胎发育阶段中的表达类似于Br SOM1,只是在表达水平上比Br SOM1低。研究结果可为深入研究SOM基因奠定基础。

分类号： Q943.2

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