黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 尹跃

作者： 尹跃;安巍;赵建华;王亚军;樊云芳;曹有龙

作者机构：

关键词： 林木育种学;黑果枸杞;转录组;简单重复序列(SSR)

期刊名称： 浙江农林大学学报

ISSN： 2095-0756

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 422-428

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5～33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。

分类号： S567.19

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