青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 林珲

作者： 林珲;薛珠政;李永平;李大忠;刘建汀;朱海生;温庆放

作者机构：

关键词： 花椰菜;转录组;测序;基因分析;功能注释

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2018 年 09 期

页码： 1708-1720

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探讨花椰菜花梗颜色的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina Hi Seq 4000)对青梗和白梗花椰菜进行转录组测序,共获得52 253 822个序列读取片段(reads),对测序的结果从头组装获得66 450个单基因(Unigene),N50为1 285 bp,平均长度为717.40 bp。转录物注释结果显示,45 390个基因有同源比对信息;21 060个基因无匹配序列信息,可能为花椰菜特异的基因序列。对所得差异基因(DEGS)进行不同数据库注释,GO注释到2 540个DEGS,分为细胞组分、分子功能及生物学过程3大类54个功能组;COG注释到的753个Unigene功能系统分为24类;以KEGG数据库为参考,将946个DEGS定位到119个代谢途径分支,注释到6个差异基因与类胡萝卜合成途径有关,9个DEGS与类黄酮生物合成途径有关,1个DEGS与叶绿素代谢相关,且与花椰菜的花梗颜色形成密切相关。16个差异基因通过qRT-PCR验证,结果与RNA-Seq测序结果一致。本研究结果进一步揭示花椰菜花梗颜色的形成机理,为花椰菜品种遗传改良奠定了一定的理论基础。

分类号： S635.3

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